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亚心形扁藻藻体一般扁压,细胞前面观呈广卵形,前端较宽阔,中间有一浅的凹陷,鞭 毛4条,由凹处伸出。细胞内有一大型、杯状、绿色的色素体。藻体后端有一蛋白核,蛋白核附近有一红色的眼点。亚心形扁藻体长在11-16微米之间,一般是11-14微米,宽7-9微米,厚3.5-5微米。繁殖方法是无性繁殖,主要是产生动孢子的方式进行,细胞纵分裂成两个(少数4个)子细胞。当环境不良时(如在老培养液),能形成休眠孢子,椭圆形,一个或两个。没有发现有性生殖。