脉冲-振幅-调制(Pulse-Amplitude-Modulation, PAM)技术的测量原理是基于对调制测量光激发的荧光信号的选择性放大。在PHYTO-PAM浮游植物荧光仪中，微秒级的测量光脉冲是由4种不同颜色的发光二极管(LED)阵列发出的:蓝色(470 nm)、绿色(520 nm)、浅红色(650 nm)和深红色(675 nm)。不同颜色的测量光脉冲在高频率下交替应用，就可以获得4种波长的光激发出的半同步的荧光信号。结合不同藻类的参考光谱(Reference spectrum)就可区分不同藻类，并分别测量它们的光合活性和叶绿素含量。

PHYTO-PAM可以对蓝藻、绿藻和硅/甲藻进行分类。由于硅藻和甲藻的色素组成差别不大，目前技术上还很难对它们进行区分。要想对它们区分，除了考虑色素组成外，更重要的是考虑捕光色素-蛋白复合体的结构特别是横向截面积，这必须结合"泵"和"探针"法测量荧光。目前WALZ公司正结合"泵"和"探针"法开发对微藻分类更多、更精确的仪器。PHYTO-PAM还可以测量这些藻类的叶绿素浓度(检测限为0.1 μg L-1 Chl)。PHYTO-PAM更加强大的功能是可以探测自然水样中蓝藻、绿藻和硅/甲藻的光合活性和光适应状态。

PHYTO-PAM采用微型光电倍增管作为检测器，可以检测及其微弱的灵敏变化，同时还具备强光自动关闭的保护功能，因此仪器操作和维护更加容易。