1、审查施工合同的符合性及完备性首先要熟悉招标、投标文件，关注施工合同条款与招标文件以及投标承诺的符合性，检查是否存在背离条款；其次检查对于在招投标过程中形成的补遗，修改、书面答疑、询标纪要、各种协议等是否均已作为合同文件的组成部分，是否明确解释顺序。
2、审计施工合同通用条款内容的重点检查合同当事人的法人资质、合同内容是否符合相关法律和法规的要求；检查合同的内容是否与招标文件的要求相符合；检查合同条款是否全面、合理，有无遗漏关键性内容，有无不合理的限制性条件，法律手续是否完备；检查合同双方是否具有资金、技术及管理等方面履行合同的能力；检查合同是否明确规定双方的权利和义务；检查合同是否存在损害国家、集体或第三者利益等导致合同无效的风险；检查合同是否有过错方承担缔约过失责任的规定；检查合同是否有按优先解释顺序执行合同的规定。
3、审计施工合同专用条款内容的重点检查合同是否明确规定工程范围，工程范围是否包括工程地址、建筑物数量、结构、建筑面积、工程批准文号等；检查合同的工程质量标准是否符合有关规定；检查质量保证期是否符合有关建设工程质量管理的规定，是否有履约保函；检查合同是否明确规定工期，以及总工期及各单项工程的工期能否保证项目工期目标的实现；检查合同工程造价计算原则、计费标准及其确定办法是否合理；检查所规定的付款和结算方式是否合适；对合同中关于工程价款结算调整条件应在合同专用条款部分针对招标文件作详细约定，避免合同在执行过程中在施工、竣工结算阶段产生争议；检查合同是否明确规定设备和材料供应的责任及其质量标准、检验方法；检查隐蔽工程的工程量的确认程序及有关内部控制是否健全，有无防范价格风险的措施；检查中间验收的内部控制是否健全，交工验收是否以有关规定、施工图纸、施工说明和施工技术文件为依据；检查合同所规定的双方权力和义务是否对等，有无明确的协作条款和违约责任。
4、对于采用工程量清单计价的施工合同重点审计其条款是否符合《建设工程工程量清单计价规范》的有关规定：合同中只有类似的变更工程的价格，可以约定参照类似价格变更合同价款给与差价补偿原则，防止不平衡报价；尤其是对于清单中没有涉及到的项目变更，其定价原则、方式要明确，建议可以采用参照定额组价的模式，即工程人机材耗量参考定额，人机材单价采用信息单价，取费参照投标报价；对于工程量变化综合价格的调整，建议事前约定工程量变化超过规定幅度值时综合单价的调整公式；对材料价格较大幅度变化等因素造成的价格调整，应约定分担原则或调价公式；在施工过程中变更施工方案、采取赶工措施等是否增加费用，也应加以明确。
