环境容量既然作为一种功能性资源，排污指标应该有价值和使用价值。排污指标被企业无偿占有，其弊端有二:一是失去了用经济手段调整污染项目的市场准入功能，二是企业占用的现有排污指标无法流通，市场配置环境资源的功能难以发挥出来。

继1987年原国家环保局在上海、杭州等18个城市进行了排污许可证制度试点之后，1989年的第三次全国环保会议上，排污许可证制度作为环境管理的一项新制度提了出来。鉴于排污许可证制度是以污染物总量控制为基础的，国家从1996年开始，正式把污染物排放总量控制政策列入"九五"期间的环保考核目标，并将总量控制指标分解到各省市，各省市再层层分解，最终分到各排污单位。总量控制是"十五"期间我国环保工作的重点。上海市已经以地方法规的形式出台了"污染物排放许可证管理规定"，其管理的基本程序是:排污申报登记;排污审核、核发排污许可证;证后监督管理;年度复审。

污染物排放许可证制度的实施给环境监测和环境管理都提出了更高的要求。尽管除了个别情况下基于确保财政收入的需要而由国家通过法律设立特别许可外，规定不得随意将许可证制度与创收相联系，不得滥设许可证乱收费。但排污许可证制度却有其特殊性，即行政主体不仅是作为监督管理者，而且是作为公众环境权益的监护人，作为环境容量资源公共所有者的代理人。资源是有价的，环境容量资源也不能无偿获得，在管理、转让这种环境容量资源时，既要尽到管理者的职责，又要行使代理人的权利，向环境容量资源的使用者收取一定的费用，以支付相应的行政成本和保护、改善环境的费用。