近年来，国家高度重视棚户区改造工作，将棚户区改造作为民生工程和发展工程来抓，不断加大推进力度。取得了一定成效。但在实际工作中也存在一些困难和问题，特别是拆迁难、征收难、融资难等问题愈发突出，影响和制约着国家下达任务的顺利完成。

一是涉及城中村改造的土地征收法规不健全。目前，城中村改造已成为棚户区改造的主要组成部分，而城中村改造推进难的的核心在于土地征收问题，特别是对集体土地上的房屋征收与补偿，缺乏国家层面的政策规范和指导。实际工作中，有的地方政府确定征收补偿标准低，与群众期望存在一定差距；个别群众对征收补偿“漫天要价”，远高于当地征收补偿标准。由于相关法律不健全，价值司法系统在依法依规处理恶意滞迁问题上未有效发挥作用，政府实施房屋征收的能力不足，致使“钉子户”现象频发，影响整个项目建设进度，甚至影响多数已拆迁群众的回迁安置，严重影响棚户区改造工程。

二是棚户区改造成本加大。经过“十二五”期间大规模改造，商业价值较高、容易改造的区域，通过市场化运作已基本改造完成。目前待改造项目大多征收难度大、市场运作空间小、配套设施不全，其中较大比例是城中村项目。城中村项目征收补偿面积大，居民期望值高，难以同时满足项目资金自我平衡和现代城市严控容积率、建设生态宜居城市的双重要求，改造难度程度更高。

三是城中村改造融资难。受新预算法约束，自2016年起，国家棚改专项贷款只能支持采用政府购买服务方式实施的项目。虽然政策性银行对各地有政策性贷款支持政策，但银行对一些县（市）信用评级较低，棚改贷款程序复杂，难度较大。而且要求各地采用“市带县”模式，由设区市代替所辖县（市）购买棚改服务，这种模式加重了设区市市本级财政负担，大多数县（市）财政由省级直管的管理体系也不协调，不少设区市感到难以操作。