在国家相关部门的规定下，超出特定金额的基建工程项目其结算审计必须委托给专业社会中介机构进行。由于这些工程通常具有投资规模大、建设周期长且涉及众多利益主体的特点，因此，与一般审计工作相比，工程结算审计的专业性和复杂性更高。然而，在实际操作中，由于多种因素的影响，审计过程中可能会出现未能发现存在的问题而出具不恰当审计意见的情况，这就是所谓的“审计风险”。因此，如何有效控制审计风险成为确保工程结算审计质量的重要环节。
工程结算审计的风险来源多样。首先，中介机构审计人员不可避免地会与工程承包方接触，个别单位为了私利，可能通过给予经济利益等不正当手段影响审计人员，导致他们违反职业道德，为对方谋取不当利益。其次，审计人员需要具备工程技术、造价管理及财务知识等多方面的技能，任何一方面的专业知识欠缺都可能影响到审计的质量。再者，基建工程结算审计依赖于广泛而复杂的资料，如果这些资料的真实性或完整性存在问题，则会影响审计结论的准确性。最后，从项目立项到竣工使用的过程中，可能存在内部或外部人员通过舞弊手段获取不正当利益的情况，增加了审计难度和风险。
针对上述风险，可以采取一系列措施来加以控制。选择优质的咨询机构合作是关键之一。挑选规模较大、管理制度健全、信誉良好的工程造价咨询机构，可以在很大程度上规避审计风险。同时，建立科学规范的审计流程也至关重要。内部审计部门应制定统一的审计流程，并积极参与整个审计过程，以确保工作的透明度和公正性。
此外，实施严格的审计复核制度也是必不可少的一环。在最终签署审计报告前，进行详细的复核检查，不仅能够保证审计结果的准确性，还能作为对中介机构的一种监督机制。最后，提升内部审计人员的能力同样重要。通过参加培训课程、同行交流以及老带新等方式不断提升团队的专业水平，确保他们能够有效执行各项风险控制措施。
