银杏病虫害的防治要从采种、育苗、管理等种植的整个过程通过科学的手段进行控制，利用一切途径切断病虫害的来源。需要在种植园区内定点配置捕虫灯，定期进行喷洒药物预防病虫害。一旦发现植株受病虫害影响，立即进行喷药处理，防止其病虫害的蔓延。
银杏的病害主要有缩叶病、褐腐病、疮痂病等。莳养者可在病发期喷用波美0.5-1°的石硫合剂或1∶1∶100式波尔多液；冬季落叶后喷4-5%的石硫合剂。对褐腐病可用65%代森锌可湿性粉剂500-1000倍水溶液，还可用50%的退菌特可湿性粉剂500-1000倍水溶液进行有效喷治。
银杏的虫害主要有蛀螟、蚜虫、卷叶蛾等。莳养者可用40%的氧化乐果乳油剂1000-2000倍水溶液，或2%的氯氰菊酯乳油剂1000-1500倍水溶液进行有效喷治。
