由于梯级电站的运行工况具有上述基本特征，它的管理就面临一些特殊问题。这主要是：

衡量一个河流梯级的效益大小，不在于梯级中个别电站的效益大小。一个梯级总厂的整体效益大于该梯级内各个电站效益之和。这个道理是显而易见的。因此，梯级电站的管理应该把整个梯级的宏观效益放在首位。首先，在调度管理上，必须在梯级优化调度的前提下再进行电站和机组间的优化调度和负荷分配，使水能资源利用最充分、最合理，机组设备的利用效率最高；其次，在检修管理上，要求整个梯级检修设施总量最小，人员最精、效率最高，避免重复建设、设备闲置和人员分散浪费；第三，在后勤管理上，生活基地、福利设施应相对集中、统筹规划等等。这些，都是涉及梯级管理的整体效益问题。

由于梯级电站运行时要彼此受到制约和影响，因此，各梯级电站之间的安全也息息相关。梯级电站在管理中必须考虑整个河流梯级的安全问题，由此来决定上下游各级电站的安全运行方式和在危急时刻的操作方式。这也是梯级电站管理中的特殊而重要的问题。

如果梯级电站实行集中管理，是否具备集中管理所要求的基本条件，这就是梯级管理的整体可行性问题。集中管理要求在技术上解决好遥测、遥讯、遥控、遥调手段配套可靠，调度、通讯手段畅通可靠，水工建筑、机组设备、自动化设备质量可靠；还要解决好交通道路和运输能力，保证管理中心与各站之间、站与站之间不可须臾中断的生产联系和调度指挥。如果上述基础条件不具备，则说明该梯级电站还不具备集中管理的条件，即整体可行性条件不足。