堆花小檗的种子采集时间为9月至翌年春天。将采集到的种子除去果皮和杂质后，放在室外晾晒，然后放入种子袋内置通风干燥处保存，期间注意防潮、防虫。种皮淡黄色，千粒质量7.9克，每克有126粒，净度96%；种子小麦粒状，一侧扁平，一侧隆起，长径3.1-3.9毫米，短径1.3-1.8毫米，种皮光滑，质地较坚硬。

堆花小檗的种子不存在长期休眠的特性，播种育苗的常规发芽率很高，平均为86%，发芽势也较高，5天开始发芽，15天左右出齐，故种子不需进行沙藏处理；但由于其种子细小，发芽后幼苗纤细，成苗速度较慢，一般1年生苗的高生长仅为10-15厘米，且发芽出土时需将种皮顶出土壤，故推荐采用温室内容器播种育苗，以利于控制播种深度并提供适宜的光、热、水条件，保证发芽出苗、培育壮苗、缩短成苗期限。

容器袋填充的土壤基质以透气性好、保墒性好、肥力足的耕作土为主，同时混以适量的磷肥和氮肥。将混合均匀的基质土用0.5厘米的筛网过筛后，装填容器袋。在播前15天，用2-3%的硫酸亚铁溶液消毒，并灌足底水。温室播种应做到适时早播，中国陇西的最佳播种时间为3月上、中旬。播种深度以0.5-1厘米为宜，每袋播种3-5粒，覆土采用已消毒的森林土。