日本厚朴采种时一定要待蓇葖果由绿色变为褐色，微裂时才能采集，种子成熟度是影响种子发芽率的主要因素之一，在此之前采集的种子没有收浆，饱满度差，种子发芽率低。不同地区日本厚朴种子的成熟时间有差异，丹东地区在9月下旬成熟。此时应派专人看护，及时掌握种子发育动态和防止种子被偷采，否则要采到成熟饱满的种子就更难了。
采集回来的莦果应放在室内摊开阴干数日，待蓇葖果开裂后，剥出带假种皮的种子，再用清水浸泡6-12小时，待红色假种皮软化后，搓洗去假种皮，即得黑色的净种。再将种子经水选后推于阴凉处晾干，用0.2%高锰酸钾溶液均匀喷于种子上灭菌，再阴干12天，以防霉变，这样可以得到饱满的种子，然后及时贮藏。
贮藏用筛过并消毒过的河砂与种子以3:1比例混和均匀，河砂湿度以手握成团，松开时一碰能慢慢散开为宜。砂、种混合后放入素烧花盆中，花盆底部先垫放厚约5厘米的湿润河砂，上面再覆盖厚3厘米的湿润河砂，埋于背风向阳处，之后每15天观察1次，随时补充水分和注意防鼠，翌年3月取出。
播种前种子处理为了种子提高发芽率，播种前应进行催芽处理，即将砂藏后的种子取出后放在室内，室温下保持湿度，及时观察种子裂口露白情况。当大部分种子裂口露白时，即可以播种。
选择背风向阳、排水良好，土质硫松肥沃并呈微酸性的地，土质不好可混入一定量的草炭土和河沙。地深翻30厘米，清除杂物，打碎土块。结合翻地施入适量腐熟的酸性有机肥（如鸡羚，用量25克/平方米），同时用硫酸亚铁消毒土壤（用量30克/平方米）。苗床高15厘米，宽1.2米，长度视地形而定，步道宽30厘米，整平床面。
在中国丹东地区播种时间是4月中下旬。播种行深5厘米，宽10厘米，行距10厘米。将处理好的裂口露白的日本厚朴种子点播于播种行中，点播完后及时用过筛的疏松肥土均匀覆盖种子，防止土壤水分蒸发，以利于保墒。覆土厚度以见不到种子为宜（约2厘米）。播后立即向床面喷酒清水，浸湿深度15-20厘米，再用稻草（厚约2-3厘米）覆盖苗床，然后用绳固定稻草以防被风吹走。
经常检査苗床，掌握种子出土情况，以便于采取相应的管理措施。从播种到幼苗出齐之前，要保持表土湿润（这很重要），防止幼芽干枯死亡。播种15天后，种子开始破土发芽，30天后有30%出土，55天后出土基本完毕，发芽率可达75%左右，发芽持续天数40天。随着幼苗的出土分批逐渐揭去覆盖物，同时搭上遮阳网。操作时注意勿伤幼苗。
