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独花兰被列为国家二级保护植物，森林工业发展使其栖息地明显退化、种群减少，并受到园艺观赏用途驱使的采挖威胁 ；该物种自2004年4月30日起被世界自然保护联盟濒危物种红色名录评估为全球范围内濒危（EN），种群数量变化趋势亟待调查。
独花兰也是2017年10月4日起生效的濒危野生动植物种国际贸易公约-附录二中的保护物种，即需要管制交易情况以避免影响到其存续。
