直驱式机构的主要缺点就是需要特制的电动机。一般电动机会设计在较高转速（例如1500或是3000rpm时才会有最大转矩。这様的特性适用于许多应用场合（例如风扇），但其他的机构需要在非常低的转速下有较大的转矩，例如留声机转盘，需要固定在33 1/3 rpm或45 rpm（而且要很精确）。

较慢的马达其体积也会比（应用在较高转速下的）标准马达要大。例如皮带驱动的留声机转盘，其马达直径为2.5cm，若是直驱式留声机转盘，直径为10cm。因为非直驱式的机构可以用减速机构使实际负载的转速下降，而提高负载上的转矩，相对而言，直驱式机构的马达就要产生够大的转矩。

直驱式机构需要比较精准的控制机械。有减速机的马达其惯量较大，会让输出的运动变的较平缓。大部分马达会有位置的转矩涟波，称为磁卡力矩。在高速马达上，磁卡力矩的频率较高，不致影响系统特性。而直驱式机构下，马达的转矩涟波比较容易影响系统，需要加惯量（例如飞轮）或是系统加入回授才能改善。