为了降低磷石膏中有害杂质及不同批次磷石膏性能的差异性对水泥稳定性的影响，将磷石膏用于水泥缓凝剂之前一般须对其进行预处理，磷石膏预处理一般采用水洗、石灰或碱性钙质材料中和等工艺。用于水泥缓凝剂的磷石膏一般需要满足w（可溶P2O5）<0.3%、w（可溶F）<0.05%、pH为6.5～7.5的要求。
水洗法是磷石膏预处理工艺中较为常见的工艺，反复水洗可以消除可溶性P2O5、F-的影响。水洗和石灰中和工艺虽然对磷石膏的处理效果 较好，但是并不能有效除去其中的有机质及共晶磷和氟。
对于共晶磷和氟含量较高的磷石膏，应采用磷石膏溶解再结晶的原理对共晶磷和氟进行消除。其本质是转晶工艺，磷石膏溶解再结晶的过程可以消除其晶体结构中的磷和氟 。
而对于有机质含量较高的磷石膏，多采用浮选的方式，即利用有机物易浮、磷石膏沉淀的特点，通过浮选机内的简单搅拌就可以使有机物和磷石膏分离，有机物用刮板刮出，磷石膏沉淀进入抽滤机或压滤机除水，此过程无需添加浮选药剂，成本低。
此外，煅烧也是磷石膏的预处理工艺之一，国内磷石膏煅烧工艺已比较成熟 。高温煅烧工艺可以有效去除磷石膏中的有机质，但是对于其中的共晶磷和氟只能释放，不能消除。
不同地区以及不同阶段生产出来的磷石膏的杂质含量及性能有所差异，磷石膏的净化过程并不是一个简单的工艺就可以完成的，而是依据磷石膏的成分性质，选择多种工艺组合的流程，因此磷石膏净化成本较高，这也是限制磷石膏应用的因素之一。
