（1）磁力泵泵的效率与普通离心泵相比偏低。
（2）对防单面泄漏的隔离套的材料及制造要求较高。如材料选择不当或制造质量差时，隔离套因为内外磁钢的摩擦很容易磨损，而一旦破裂，输送的介质就会外溢。
（3）磁力泵由于受到材料及磁性传动的限制，因此一般情况下只用于输送温度不高（低于100°C）、排出压力低于1.6MPa的介质。
（4）磁力泵输送的介质不得含有固体颗粒的杂质，比如介质本身含有易结晶物，管道中的焊渣等很容易使磁力泵的内磁缸、隔离罩卡死，导致无介质润滑产生干转。
（5）联轴器对中要求高，对中不当时，会导致进口处轴承的损坏和防单面泄漏隔离套的磨损。
