一，水利工程建设导致气候环境差异性扩大，气温升高
水利工程建设对于降雨量、气温、大气、风力、雾气等气候环境的影响是十分显著的。主要原因是水库大坝等水利工程扩展建设，使得原本的水资源系统发生改变，河流水、地表水、地下水等水系统因为人为作用聚集或分散，造成局部水因子聚集量超标或骤减，产生水量失衡，破坏了原有的气候环境。
首先，例如在水库大坝灌溉工程分布密集的地区，因为水分子集中在水库上空，造成水库区域内湿度高，蒸发量也会有所增加，减少了库区降雨量，城市地区则会相对增加降雨量，并且由于降雨量的增加，再加上城市废气污染严重极易导致城市地区出现雾霾天气，影响人们生活的同时更加有害人类的身体健康。
其次，由于水库等水利工程的建设是将大量水资源引入到人工开凿的地面区域内，这样的工程模式改变了水量平衡，让原本的陆地聚集了大量水源影响空气内部结构，造成气温年平均值呈上升趋势，加快温室效应程度，导致气温持续升高。
二，水利工程建设影响河流水位，破坏水文环境平衡
河流是陆地水资源的主要组成部分，也是水利工程重点控制调节的关键内容，水利工程建设对于河流的治理与规划改变了人类的生活，加强了城市建设，保证了人们的能源需求，其中水力发电这一重要措施大大满足了生产生活用电需求，使水利工程建设成为了解决民生问题的重大发展性课题，然而水利工程在供应人力所需的同时对于水文的影响也是最直接的。
主要表现在建造水库大坝灌溉发电等水利工程时打破了水势结构、河流流量、水资源分布等原有平衡格局，为了满足发电、灌溉等要求所使用的节流泄洪等手段导致水位出现不合理管控，上下游植被、水量、生态都受到严重影响，破坏了生态环境也造成了水质的大面积污染，最终影响人们的日常生活。
三，水利工程建设影响地壳承受力，引发地质灾害
水利工程建设的主要内容是控制与利用地下水与陆地水，虽然针对的是水资源体系的治理，但其影响是多方面的，其中一项就是往往被人们所忽视的关于对陆地环境的影响。陆地因水利工程建设产生的影响不被人们所重视的原因是其影响过于深远，水利工程建设中水量大量聚集导致地壳压力过大，影响板块平衡，形成地震等地质灾害。除了对深层次地壳的影外，对于地表土壤也存在着一定的破坏，水利工程建设过程中节流蓄水改变水量等措施导致水库下游农田土地的土壤养分流失严重，大面积土壤活性降低成为盐碱渍地，不利于植被、农作物等生长，降低农业生产率的同时对生态环境也有较大影响。
