由于白桂木野生种群数量日渐减少，很多白桂木种群呈单株散生的间断分布，林下幼苗少见，种群呈衰退趋势，1992年以珍稀物种列入《中国植物红皮书——稀有濒危植物（第一册）》 ，被列为国家三级濒危保护树种。 列入《世界自然保护联盟红色名录》（IUCN）中，保护级别为濒危（EN）。
通过多数种群取样进行人工繁殖，尤其在遗传多样性比较高的种群中取样进行组织培养等快速繁殖来扩大和更新现有种群，同时通过打破白桂木种子休眠，创造条件提高种子发芽率，在较大的空间范围进行播种，增加种群中的幼苗数量，创造基因交流和充足的条件，进一步保护白桂木遗传多样性，稳定和壮大种群数量，保护和恢复白桂木资源已成为当务之急。
白桂木在群落中仅处于劣势的伴生地位，对生态空间的占据能力小，不利于其生存和发展，因此，在建立自然保护区进行就地保护的同时，更重要的是进行迁地保护，通过人工更新的方法来保护和恢复白桂木这一濒危种群。所以可以采取人工繁殖、迁地保护、人工更新等方法来保护白桂木这一濒危物种。
白桂木濒危的原因主要原因有两方面。一是树种自身的原因，即由于白桂木个体数量少，近交、自交严重，雄、雌花序的分布不利于授粉等，造成单果结种率低，种子质量差，同时果皮含有抑制物质也是造成自然状态下种子发芽率低的一个原因。二是外部因素，即过度采挖等人为破坏导致的生境破碎化、动物对果实的取食，加上气候变迁导致花期不遇或开花时期雨水多造成结实量低等，这些原因导致白桂木在自然状态下可供更新的有效种子数量减少，最终只能成为群落中的伴生种或偶见种，无法成为建群种或优势树种。
