1900年，意大利出生的科学家Mikhail Tsvet在俄罗斯首次使用色谱法，主要用于分离植物色素，如叶绿素，胡萝卜素和叶黄素。由于这些组分具有不同的颜色（分别为绿色、橙色和黄色），因此他们将该技术命名色谱法。
20世纪30年代和40年代开发的新型色谱技术使该技术可用于许多分离过程。
在20世纪40年代和50年代，色谱技术的发展基本上是由于Archer John Porter Martin和Richard Laurence Millington Synge的付出，为此他们获得了1952年的诺贝尔化学奖。他们建立了分区色谱的原理和基本技术，他们促进了纸色谱、气相色谱、以及所谓的高效液相色谱等色谱方法的快速发展。研究人员发现，Tsvet色谱法的主要原理可以以多种不同方式应用，从而产生了不同的色谱分析方法。现如今，随着技术不断进步，色谱技术性能也在不断提高，使越来越相似的分子可以得到分离。
