1、收获部位：为黑心菊的头状花序。通常在每年8～9月间，选择瘦果大部分成熟的头状花序剪下，把它们晒干后置于干燥阴凉处，集中去杂，清选出种子。
2、分级：所采收的种子应该在保证本种净度、正常含水量、无异物污染之前提下进行分级：
一级种子的萌发率≥98%；
二级种子的萌发率≥95%；
三级种子的萌发率≥92%。在使用时，各级种子的萌发率允许低于相应标准的5%。
3、包装：黑心菊的种子粒径较小，千粒重0.37克。多采用防潮的纸袋作为内包装；印有说明的纸袋作为外包装。注意在操作时勿与其他等级的种子弄混。
4、批发装：内盛种子500～1000克；零售装：内盛种子0.1～0.2克。
5、保鲜管理：可以将种子置于干燥避光、通风良好、环境温度在5～10℃之处进行贮藏。
6、存放期限：按照上述方法处理，黑心菊的种子通常能够存放1年而不致影响育苗 。
