列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN 1998年 ver 2.3）——近危（NT）。
列入《中国生物多样性红色名录-高等植物卷》（2013年9月2日）——濒危（EN）。
列入《中国重点保护植物》——Ⅱ级。
2016年，中国江苏省政府办公厅印发《江苏省珍贵用材树种培育行动方案（2016—2020年）》，将红豆树列为全省造林一般推荐性树种，具有开发潜力。
红豆树自然繁殖能力和传播扩散能力均较差，种群天然分布受限，而且多年来盗伐现象严重，导致现存林分稀少[6]、种群分布范围收缩及数量减少，正逐渐走向衰亡。
据2009年调查，中国浙江省有野生红豆树共计373株，幼树220株，大树153株，分布面积约3.40公顷。其中，龙泉市锦溪有300株，幼树160株，大树140株，分布面积约2.96公顷；庆元县黄田71株，幼树60株，大树11株，分布面积约0.4公顷；永嘉、诸暨等县有极少量分布。
2017年4月，中国重庆市黔江区林业局在对全区范围内的古树名木开展普查调查工作时发现了一株1200年的“红豆树王”，由于树龄较长，树洞已空心，树洞可同时容纳十位成年人。这株红豆树生长在在黔江区杉岭乡尖山子村，经测量，树高达27米，胸径1.83米，是黔江区最大的红豆树。据考证，这棵红豆树生长了1200年，有可能是重庆树龄最大的一棵红豆树。让人称奇的是，经过1000多年的风雨剥蚀，虽然树心已空，但是红豆树依然枝繁叶茂。
红豆树种子产量低、虫害严重，结实年龄较迟且不稳定，需间隔3-5年开花结果1次，甚至更长时间，极少连年开花结果，荚果平均出籽率为23%。调查中国陕西秦岭红豆树发现，有的红豆树全株仅有19粒种子，其中18粒都有不同程度的虫蛀现象，只有1粒是完好种子。红豆树适生区狭窄，主要分布于福建、浙江、江西、四川等地区低海拔丘陵、山谷或溪边常绿阔叶林中，此区域人类活动大，人为干扰严重，造成种源匮乏，种群难以扩展。红豆树人工种植技术还不成熟，存在诸如种源缺乏、幼苗培育难、人工林早期生长慢等问题，阻碍了红豆树的规模化发展和高效栽培。
红豆树野外资源分布极为稀少，因此，建议加强红豆树生态学及生物学研究，如立地条件恢复与改善、种群动态和周期性变化、生长环境特征及群落相关生物间的关系；针对红豆树开花树龄较大、结果量少等问题加强花期和果期管理，开展种群自然更新机制研究；收集保存红豆树优良种质，建立专门红豆树异地种质保存基因库，为有效保护和可持续利用红豆树资源提供科学依据；此外，有必要对较大种群红豆树实施就地保育，开展红豆树自然保留种群的遗传多样性研究，并适当进行人工引种繁育及回归保育，探索红豆树育苗造林的新方法、新技术，建立相关红豆树造林技术规程。
