在中、小型水电站，进水阀的操作方式有手动操作、电动操作和液压操作三种方式。

一般微型机组进水阀采用手动操作。小型机组的进水阀一般采用电动操作方式，在电动操作机构上，同时还设有手动操作机构，以保证进水阀工作的可靠。由电动机或手动操作手柄通过变速机构(即减速箱)和螺杆、螺母及转臂操作进水阀启闭。

对于需要很大操作力矩的大直径进水阀，为保证进水阀的关闭速度、均采用液压操作方式。

不论主阀是哪一种型式和操作方式，在开启时都应满足进水阀上下两侧的水压基本相等、密封装置退出工作位置、锁锭退出这三个基本条件后才能将阀开启（静水开启）。进水阀不允许在动水情况下开启，因为这样既加大了操作力矩，运行上也不需要。在正常运行关闭时应满足：水轮机导水叶完全关闭、锁锭退出这两个条件后，进水阀才能进行关闭（静水关闭）。在发生事故时，进水阀接到事故关闭信号后，则只需锁锭退出，就可在水轮机导叶没完全关闭的情况下进行关闭（动水关闭）。当进水阀运转到达全开或全关位置后，锁锭必须重新投入。

进水阀的工作状态只有全开和全关两种位置状态，进水阀不能停留在中间的某一位置上运行，即不能用它来代替导水叶调节流量。