尽管硅藻泥存在着天然环保和性能优越等优点，但硅藻泥产品本身也是有缺陷的，其主要表现在耐水性差，不耐擦洗，硬度不足，不适合过于潮湿的环境使用等。
硅藻泥最大的缺陷就是耐水性差，属于水溶性装饰材料，因此不耐擦洗。目前只适用于别墅、餐厅、私人会所、家庭等内墙干区环境使用，不适用于卫生间、厨房或室外公共场合等水可以直接接触或浸淋的地方。
有的厂家为了解决硅藻泥耐水性差的缺陷，将乳胶粉掺入产品中，以增强黏结强度和耐水性能。大部分厂家在施工时候会在硅藻泥表面上喷涂或刷涂一层罩面面釉来保护饰面，这样表面看上去更加细腻美观，产品也显档次。不过面釉要保证其环保性，同时注意其透气性能，否则会影响硅藻泥的原始性能。
硅藻泥的硬度不足也是制约其发展的重要原因之一。纯硅藻泥装饰之后用手一抠一个坑，不小心的磕磕碰碰也会损坏墙面，表现得非常脆弱。在硅藻泥中加入一定比例的碳酸钙、石英砂、白水泥等填料，可以大大增加硅藻泥的硬度和强度，同时降低成本。当然，罩面面釉的保护功能也是弥补硬度不足的好方法。
