菏泽牡丹属中原牡丹种群，花色丰富多彩，花型千变万化。菏泽牡丹已经发展为花色有粉色、红色（含紫红色）、紫色、蓝色、黄色、白色、黑色、绿色、复色总九大色系，各色系有深、淡、浓之分。根据花朵形态和雌雄进化程度，分为单瓣型、荷花型、菊花型、托桂型、蔷薇型、金环型、皇冠型、绣球型、干台阁型、楼子阁型共十个花型。
菏泽牡丹有1100多个品种，各色系的菏泽牡丹都有名贵品种，如“掌花案”花开似火，红光灿，为红色之魁；“酒醉杨妃”红装素裹，低头掩面，暗送秋波；“梨花雪”开若梨花，雪白一片，称白中之冠；“昆山夜光”花开奇白，黑夜依然，古谓之“灯笼”；“姚黄”金楼千层，世称花王；“青龙卧墨池”如龙卧墨，黑中之奇；“冠世墨玉”黑紫如缎，洁而有光；“蓝绣球”开如绣球，蓝色之冠；“赵粉”粉面桃花迎人笑，郁郁芳香飘四野；“粉二乔”粉紫同株，双娇可爱；“魏紫”色紫浅淡多娇艳，古老品种称“花妃”；“娇容三变”初开时碧绿，盛开时红艳，将谢时素白，十日三变，堪称奇品……菏泽也是中国最大的牡丹生产、科研、观赏基地，牡丹的种植面积、科研培植、观赏出口当称世界之最。
在中国牡丹的大家族里，菏泽牡丹现有近800个品种，经全国花协命名的600多个品种。传统上分三类、十型和九大色系。花大、型美、色艳，是菏泽牡丹的显著特点。古人曾用“花在盈尺”，形容其大；“千片赤英霞烂烂，百枝绛点灯煌煌”描述其形貌瑰丽。
菏泽牡丹的三类是单瓣、复瓣、千瓣。单瓣类，花大如盘；复瓣类，瓣在清晰；千瓣类，花瓣重叠繁密。
菏泽牡丹的十型是荷花型、菊花型、金蕊型、蔷薇型、金环型、托桂型、千层台阁型、楼子台阁型、皇冠型和绣球型。
菏泽牡丹的九大色系是红、白、黄、黑、粉、紫、蓝、绿和复色。1、红色花系，是牡丹园的大家族，品种多达200余个，其中还有深浅之分。如“一品朱衣”，猩红欲流，芳冠百花；“春红娇艳”，朝霞藏日，光彩陆离；“红绣球”，深浅相间，胭脂染成。
2、黄色花系，如“姚黄”、“金玉交章”，端庄典雅，姿貌绝伦。
3、白色花系如“冰壶献玉”、“昆山夜光”、“玉板白”等素洁无暇，清爽袭人
4、蓝色花系虽不如红色品种多。但却也姐妹成群。“蓝宝石”、“蓝花魁”、“紫蓝葵”、“吊枝蓝”、“冷光蓝”、“蓝田玉”，都是牡丹之中的上品，这“蓝田玉”就是清代曹州花农赵玉田精心培育而成的。此花支形增开张，花蕾圆大，花开时呈浅粉蓝色，花朵直上，蓝光闪闪，非常惹人喜爱。当时，曹州知府马帮举对此花大加赞赏，曾亲笔题写“似兰如松”匾牌授予了赵玉田。
5、粉色花系也是牡丹园里一大分支。“粉彩球”、“粉容面”、“粉翠球”、“赛斗珠”、“翠娥娇”、“青龙卧粉池”，这些都是牡丹花中名品。再如“赵粉”，稍弯曲的枝杆，粗壮的花梗，黄绿色的叶面，圆尖型的花蕾，侧开、大型的花朵，细腻整齐的花瓣，发出阵出清香，分外诱人。
6、紫色花系在菏泽牡丹品种繁多，除魏紫外，还有“葛巾紫”、“紫金盘”、“紫霞点金”、“邦宁紫”等。“邦宁紫”，就是明代曹州花农赵邦宁多年心血的结晶。
7、绿色、黑色和复色花系，如“兰绿”“冠世墨玉”“二乔”等，更是色奇出众，别有千秋。
各色都数十个或上百个品种，可谓千姿百态，各俱风韵。
牡丹不只极具观赏价值，近年来，随着经济发展和科技水平的提高，牡丹产业已逐渐由过去单一观赏拓展至食用、药用、保健等多个领域，特别是油用牡丹以其兼具观赏价值和经济价值的独特优势，显现出巨大的开发潜力和广阔的发展前景。
《菏泽县志》载：“牡丹、芍药多至百余种，土人植之，动辄数十百亩，利厚于五谷。”“每年秋后土人捆载之，南浮闽粤，北走京师，至则厚值以归。”
从牡丹花中提取的牡丹花粉精是名贵的香料，用牡丹花酿制的牡丹酒，不但具有独特鲜明的牡丹花香味，而且有轻身健步，明目醒脑的作用，是一种高级滋补佳品。而牡丹的根经过加工称为“丹皮”，是一种重要的药材，性微寒，味辛苦，入心、肝、肾三经，有清热、活血、化淤等功能。菏泽丹皮称为“曹丹”，皮厚，粉足，质量好，在市场上十分紧俏，是全国四大丹皮产区之一。
