菏泽种植牡丹历史悠久，始于隋，兴于唐宋，盛于明清，自古享有“曹州牡丹甲天下”的美誉 。2012年被中国花卉协会命名为“中国牡丹之都”。

牡丹在中国已有1900多年的栽培历史。汉代以药用植物记载于《神农本草经》；隋代，北方已大量种植；唐代，盛植于京师长安；北宋，盛植于洛阳；南宋，牡丹种植中心开始南移，四川的天彭牡丹继起，有“小洛阳”之称。天彭牡丹之后的亳州牡丹也曾经盛极一时。再后来“亳州寂寥，而盛事悉归曹州”（《曹县志》）“至明，曹州牡丹甲于海内”（清朝苏毓眉的《曹南牡丹谱》）。“曹南”即指今菏泽一带。

早在南宋就记载，至明朝的嘉靖年间，栽培已盛。到了清代更加兴盛，栽培面积已达千亩，曾建牡丹园数处，尤以“桑篱园”“凝香园”“绮园”最为著名，菏泽牡丹在中国牡丹发展史上独领风骚500余年，2012年菏泽牡丹栽培面积已达12万余亩。《曹南牡丹谱》载：“至明曹南牡丹甲于海内。”清代即有“曹州牡丹甲天下”之说。

菏泽牡丹是在明清以来风格不一、大小不等的十几处牡丹园的基础上发展起来的，如清朝道光年间的赵氏园、桑篱园，创于明代的毛花园，以及当时的铁藜寨花园、大春家花园、军门花园等。当时的县志记载：“每至仲春花发，出城迤东，连阡接陌，艳若蒸霞”。同时，让牡丹冬季开放的技术也在清代道光年间问世，成了菏泽花农的一门绝技。花农通过严格控制温度、湿度、调节光和空气，使牡丹隆冬发育，春节怒放。

菏泽牡丹的种植面积广阔，历史上种植面积最多时曾达五千亩，一九七六年调查还有三千多亩，单是城东的“曹州牡丹园”就占地一千亩，2012年菏泽牡丹种植约十二万余亩。每年四月中旬至五月上旬花期时候，千顷牡丹，一望无际，千姿百态，争奇斗艳，好似人间仙境一般。2012年全国各地的牡丹，大部分都是由菏泽运去的。

解放后，在党和政府的大力支持下，菏泽牡丹不断发展。传统品种延绎不断，新育品种日益增多。如今，菏泽人民又研究成功了“大田催花”技术，人工控制牡丹的花期，可使其四季开花，并通过了国家级鉴定。2012年，种植面积已达两万余亩，为全国最大的牡丹生产、科研基地。一九八二年，在赵楼、李集、何楼牡丹集中产地修建了“曹州牡丹园”，王梨庄恢复了以编制松艺动物为特色的“古今园”，洪庙新辟了具有传统品种的“百花园”。

2012年，菏泽供应外地的牡丹每年都有几十万株，品种达200余个，除销往广州、深圳、上海、北京、洛阳、西安、等各大中城市和港澳地区外，还远销日本、朝鲜、苏联、美国、加拿大、澳大利亚等十几个国家和地区。

菏泽市牡丹栽培历史悠久，明代已负盛名。蒲松龄在其《聊斋志异》里就有“曹州牡丹甲齐鲁”之说，并写下了葛巾玉版的神话故事，后又有“菏泽牡丹甲天下”之称。解放后，特别是改革开放以来，富有历史传统的曹州牡丹进入一个全新的发展时期。2012年，菏泽市牡丹种植面积已达12万多亩，品种多至1237个。历史上形成的包括药物学、植物学、园艺学、地理学、文学艺术、戏剧曲艺、民俗学等多科在内的牡丹文化，是中华民族文化的组成部分。