1985年，广西植物研究所梁健英、苏宗明先生将首次发现于广西天等县石灰岩石山常绿季雨林中的种山茶属金花茶组植物命名为顶生金花茶（Camellia terminalis J.Y. Liang et Z.M.Su），根据其主要特征是叶较小，而花较大并单生于小枝顶端和花柱基部合生、先端分离，作为一个新种顶生金花茶（Camellia terminalis J.Y.Iiang et Z.M.Su）发表于《广西植物》（梁健英等，1985）。叶创兴等（1992）在对山茶属金花茶组进行订正时，也承认顶生金花茶作为一个独立种的地位。但张宏达（1991）在探讨金花茶组的分类学问题时，首次对梁健英等的观点提出异议，认为顶生金花茶是平果金花茶的一个可变异类型，并当作后者的异名。闵天禄（1993）、张文驹（1995）通过检查早期的模式标本，结合当时的采集观察，也发现顶生金花茶习性和叶形特征与平果金花茶（Camellia pinggaoensis Fang）十分相似，但基于花较大，通常顶生的特征，认为作为后者的一个变种为宜，将其命名为顶生金花茶（Camellia pinggaoensis Fang var.terminalis S.Y.Liang）。闵天禄（2000）在其专著《世界山茶属的研究》中进一步指出：顶生金花茶与原变种的区别除上述特征外，其萼片长度也大于平果金花茶的，但二者叶形和大小等特征一致，分布区接近，生境也相似，前者应视为后者的变种。梁盛业（1993）在他的《金花茶》一书中亦将顶生金花茶降级作为平果金花茶的变种。后来，张宏达（1998）在《中国植物志》中采纳了梁盛业的观点，但那个学名为不合法名，不能采用。

然而纵观顶生金花茶的研究史，它与平果金花茶在木材解剖结构、细胞学及分子生物学特征等方面的差异是十分明显的。谢福惠等（1987）在对顶生金花茶、平果金花茶和柠檬金花茶（Camellia limonia C. F. Liang et Mo）的木材构造进行比较研究时发现，这三者在管孔特征、导管分子的形状和横隔数目、射线组织、细胞核和结晶体的特征等方面都存在着明显的差别，且顶生金花茶木材的构造与柠檬黄金花茶很近似，而与平果金花茶差异较大。李凤英等（2001）在用扫描电镜对各种金花茶叶表皮特征进行观察研究时发现：金花茶组植物的叶表皮角质膜特征具有一定的分类学意义，其中平果金花茶气孔外缘角质膜突起不明显，而顶生金花茶的突起明显，从叶表皮角质膜特征可以将两者区分开来。张文驹等（1995）在对九种金花茶种皮的电镜扫描观察中发现顶生金花茶种皮表面被疏而短的毛。

唐绍清等（1998）选取南宁树木园、南宁新竹苗圃的平果金花茶、顶生金花茶等数种金花茶组植物为实验材料，利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术进行分析，采用Jaccard相似系数计算种间遗传相似程度，用UPGMA法对各个种间的相似性系数进行聚类分析。结果表明两种彼此间及与金花茶的相似性系数都较小，且顶生金花茶与金花茶（Camellia nitidissima Chi）、防城金花茶（Camellia nitidissima var.phaeopu-bisperma S .Y .Liang et Z .H .Tang）等的遗传距离要比顶生金花茶与平果金花茶的距离更近些。他当时支持顶生金花茶与平果金花茶两个种成立的观点。后来，唐绍清等（2004）应用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记法对桂林植物园栽培的平果金花茶、顶生金花茶进行分析，结果又支持顶生金花茶是平果金花茶变种的观点；但巧合的是，谭晓风等（2005）选取广西南宁金花茶公园的叶片材料对各种金花茶组植物进行RAPD聚类分析，利用0-1聚类软件计算，得到的相容关系和聚类图也显示：顶生金花茶与金花茶、防城金花茶等聚为一类，而与平果金花茶距离较远。同样的技术手段在不同的年代、取不同地点的材料能得出比较相似的结果，说明顶生金花茶、平果金花茶与金花茶之间的这种亲疏关系是客观存在的。