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电子传递导致复合体的构象变化。质子的转移是氨基酸侧链pK值变化产生影响的结果。构象变化造成氨基酸侧链pK值的改变,结果发挥质子泵作用的侧链暴露在外并交替地暴露在线粒体内膜的内侧或外侧,从而使质子发生移位。这种系统即认为是质子泵的机制。