巨柱仙人掌的开花期是五月至六月，这是当地雨季前不久。花在日落后约两小时后开放，开到第二天中午。巨人柱无法生活在太干燥和有冰冻危险的地区（比如索诺拉沙漠的高处）。火灾和雷击也对巨人柱造成威胁。此外巨人柱的根虽然分布得非常广，但是却非常浅，这样它们可以利用极小的降水，其缺点是稍微大的风就能将它们吹倒。

巨柱仙人掌的平均年龄可达约85年，极少数甚至超过200年。对它们来说最危险的时候是在它们年轻时，在这段时间里它们的生长非常缓慢，会被林鼠、加拿大盘羊、加利福尼亚兔等吃掉。10年老的巨柱仙人掌仅约4厘米高（养殖的可达10厘米高）。直到它们达到二至八米高时它们的生长速度才达到最高（约每年10至15厘米），此后其生长速度又降低。

巨柱仙人掌在靠近地表的地方有很长的网状根，能够在难得的短暂下雨时吸收水分。水贮存在凝胶状的组织中，这些组织完全膨胀起来后，可以储存多达750升的液体。厚厚的蜡质表皮能使得蒸发变得最少，而没有叶子也能减少蒸发。身上著名的刺能赶走想喝水的动物，遮住阳光，留住凉爽的空气，保护它不受干旱风的侵扰。喜温暖向阳环境，耐干旱，宜于深厚砂壤土生长，适生温度18-22℃。

一个巨大的巨柱仙人掌都为整整的一个动物群落提供了支撑，这个动物群落包括住在地下的动物（如啮齿动物）、昆虫（如沙漠蛛蜂和塔兰图拉毒蛛）、鸣禽（如棕曲嘴鹪鹩、吉拉啄木鸟、姬鸮、栗翅鹰和黄头金雀）。