天然林保护工程是一项国家实施可持续发展、保护生态环境的重点建设工程。此项工程涉及面广，政策性强，实施难度大，是一项复杂的社会系统工程。组织管理实施此项工程必须要有明确的工作目标，清晰的工作思路，责权统一的管理体制，运转自如的运行机制，科学的管理办法，现代的科学手段和兢兢业业的工作精神。
1.坚持一个中心
就是坚持以天然林资源保护和恢复为中心。保护和恢复天然林资源是建设好我国生态环境，保障国民经济和社会可持续发展，实现国家长治久安的重大举措。搞好这项工程一定要有全局观，并且要把天然林保护工程作为林业部门的第一位中心工作。
2.达到两个目标
天然林资源得到有效的保护和恢复，增强其生态功能是第一个重要目标；通过实施天然林保护工程，使林区经济结构得到合理调整，实现林区经济平稳过渡，找到适合社会主义市场经济需求的新的经济增长点，振兴林区经济是第二个重要目标。
3.实施三个调整
一是经营思想的调整，将由木材采伐转向保护和培育森林资源；二是产业结构的调整，由单一的以木材原料为主的林业产业结构，向适合市场经济需要的全方位的产业结构调整，在保护好天然林资源的同时，合理地利用好林区的其他资源，形成新的产业经济链；三是管理体制的调整，要利用天然林保护工程实施的契机，理顺管理体制，建立政企分开的管理体制和分级的森林资源管理体制。
4.实现四个转变
一是实现由采运企业向营林事业转变，将工作由伐树转向种树； 二是由计划经济模式向市场经济模式转变，林区由传统的大木头经济向市场经济所需求的多元化经济转变；三是由粗放经营向集约经营转变，应用现代高新技术成果，保护和培育森林资源；四是实现企业管资源向国家管资源转变，把资源管理的行政职能真正从企业分离出来。
5.落实五个保
一是保工程要有得力的组织保证，从中央到地方都要建立相应的组织机构，确定主要行政领导负责，签定工程项目行政领导责任状； 二是确保权责统一的管理体制，国家林业局天然林保护工程管理中心（筹）已经成立，将全面开展工作，各省区也要有相应的机构，配合工作；三是确保使用科学的管理方法和先进的科技手段，管理和实施好这项工程；四是确保资金的到位和按规定使用，中央和地方配套资金一定要落到实处，并做到专款专用，封闭运行；五是确保以兢兢业业的工作精神投入到天然林建设上来。各级林业部门，从领导到职工都要树立高度的责任感，以严谨的工作态度，饱满的工作热情，投入到工作中去。
1.编制工程实施规划，搞好森林分类区划工作
按照自下而上、专家论证、部门审批、自上而下的程序，做好全国、省（自治区、直辖市）、县（国有林业局）三级工程规划，并将森林分类区划落实到山头地块，为保证工程实施能够科学、合理、有序和统一地开展做好准备。
2.调减和停止天然林采伐，大力发展营造林
全面停止对长江、黄河中上游地区划定为生态公益林内的森林进行采伐，调减东北、内蒙古国有林区天然林资源的采伐量，严格控制木材消耗，杜绝超限额采伐。积极开展生态公益林、商品林建设，促进天然林资源的恢复和发展。
3.选择建立转产项目，妥善安置富余人员
为妥善安置富余人员和促进林区经济发展，要选择建立一批转产项目。通过转向营造林建设和再就业培训等形式，妥善安置好富余人员。
4.加强基础保障'体系建设，提高工程实施质量
通过科技教育、种苗繁育、基础设施、森林保护和信息管理体系的建设，为工程实施提供必要的基础保障。各级管理和实施人员都要端正态度，认真负责地采取科学办法，提高工程实施质量。
天然林保护工程是党中央、国务院高度重视，国际国内十分瞩目的一项旨在保护生态环境的巨大生态建设工程，这项工程对于保护我国生态环境、提高人民生活质量，实现可持续发展具有十分重大的意义。
1.建立强有力的组织保障
天然林保护工程是一项影响面广、工作难度大、要求高的社会系统工程，必须建立强有力的组织领导机构。借鉴国内外科学的工程管理模式，按照机构改革的要求，建立起统一、高效、科学、务实的管理机构和运行机制。国家林业局在国务院的直接领导下，负责指导工程的实施。国家林业局组建的天然林保护工程管理中心（筹），具体承办国家天然林资源保护工作的有关事宜。各有关省（自治区）和森工（集团）公司和国有林业局在地方政府的直接领导下，成立天然林保护工程管理办公室，认真实施好这项工程。
2.加大工程对内对外的宣传力度
天然林资源保护需要社会各方面的参与和配合，各地要利用各种宣传媒体加强对天然林保护工程的宣传力度，使各级领导干部和广大群众了解、参与、支持和监督天然林保护工程，要定期在新闻媒体上发布工程进展信息，接受监督。
3.落实有关建设资金和相关的配套政策
资金的投入、政策的扶持是工程顺利实施的基本保证。要切实保护好国有林区的天然林资源，完成《实施方案》所确定的各项目标，必须本着中央与地方事权划分的原则，采取积极有效的措施，落实工程建设所需的各项资金。因此，要积极争取各方面对工程的资金投入。在国家财力十分紧张的情况下，中央专门安排了一部分财政债券投资和财政资金，用来开展天然林保护工程，除中央应安排的各项资金投入外，地方和企业的配套资金也必须落实，否则就会影响工程的全面实施。
同时，要积极争取落实各方面的扶持和优惠政策，尤其是涉及林区职工转岗分流和国有林区离退休职工的养老保险金的分摊比例的政策，落实生产经营局转变为营林事业局的管护事业费，落实转产项目的税收优惠政策和贷款贴息相关的配套政策，保证林区的社会稳定。
4.要加强对工程项目和资金的管理
天然林保护工程涉及资金量大、项目多，要保证资金和项目发挥最佳效益，就必须严格按照国家基本建设项目管理和审批程序，加强对项目的评估和咨询，选好工程建设项目，制定好工程建设方案，要严格项目的设计和施工管理。工程建设实行规范化管理，实行建设项目法人责任制。做到精心组织、精心施工。
对资金要单独设账，封闭运行，专款专用。新增资金要用于新的任务和工作，严禁用新资金还旧账，任何部门和任何人不得挪用、串用、挤占工程建设资金。要保证将有限的资金真正用到天然林保护工程上来，对资金的使用要有制约、检查和监督机制。
要加强对工程建设的检查、监督，对工程建设全过程进行监督管理。
天然林保护工程是国家林业局重中之重的工作，是我国林业发展史上难得的机遇，也是对林业全行业的考验。因此我们要本着对党、对人民、对国家高度负责的精神，动员全行业人员把这项工作做好。
5.深化改革，建立现代企业制度
深化改革，将森林资源的管理从企业中分离出来；通过公有制的多种实现形式，加快林区多种资源开发。
6.依靠科技进步、提高工程建设质量和效益
科技是第一生产力。天然林保护工程必须建立健全科技支撑体系、以加大工程的科技含量。一要成立国家级工程高级专家咨询委员会，对工程实施中带有前瞻性、战略性、全局性的重大问题，组织专家咨询与论证；二要充分利用全国已有的地、县、场三个层次的科技开发推广示范网络，大力推广20—30项实用技术和先进科技成果；三要组织科研工作者针对退化天然林生态系统的恢复、天然林生态系统可持续经营和国有林区生物多样性等方面开展科学研究与科技攻关，搞好工程技术储备；四要选择一些具有典型性、代表性的地区和单位建立国家级示范区，为全国顺利实施天然林保护工程提供理论依据和典型示范。各级地方政府也要建立示范区或示范点，以点带面，带动和辐射周边地区的天然林保护工程；五要开展国际国内合作交流，学习国内外天然林保护的先进经验、先进技术、先进管理方法；六要开展天然林保护工程科普宣传及公众教育活动；七要采取多种形式广泛吸收社会资金，积极争取国际合作项目和无偿援助资金，加快科技支撑体系建设。
7.妥善做好离退休职工养老保险社会统筹工作
根据国务院有关规定，国有林区企业职工将全部实行省级养老保险社会统筹。鉴于木材产量调减后，企业收入将大幅度减少，无力交纳离退休职工养老保险统筹资金，需要各级财政给予必要的补助，减轻企业负担，为全面实施好天然林保护工程提供较宽松的环境 。
