一、办公室（组织人事处）：负责机关日常运转,承担信息、保密、信访、政务公开、档案、水利科技与信息化等工作。督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况。负责机关并指导所属单位的机构编制、人事人才、队伍建设、劳动工资、教育培训等工作。负责离退休干部工作。

二、机关党委：负责机关和所属单位的党群工作。

三、财务审计处：指导水利系统财务会计和内部审计工作;负责编制市级水利部门预算并监督执行;负责市级水利资金的使用及监督管理;指导水利行业国有资产的监督管理工作;提出有关水利价格、收费、基金、信贷的建议;负责机关和所属单位财务管理、内部审计工作及所属单位领导干部的任期经济责任审计工作。

四、水政水资源处（行政审批处）：组织起草水利规范性文件草案,负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施;指导法治水利建设和依法行政工作;指导行政执法工作;承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作;指导水利系统法治宣传教育和普法宣传工作;组织指导有关防洪论证工作;负责洪水影响评价类、取水许可、生产建设项目水土保持方案、河道采砂及管理范围内从事有关活动、水利项目设计文件审查等行政审批工作,并限时办结。指导流域和区域骨干河道、湖泊、水库及河口的开发;指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。承担实施最严格水资源管理制度相关工作,指导开展水资源有偿使用工作;组织水资源承载能力监测预警工作;组织编制并发布市水资源公报;指导水量分配工作并监督实施,指导河湖生态流量水量管理;组织编制水资源保护规划,指导饮用水水源保护有关工作,按规定核准饮用水源地设置;负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护,参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作;指导水利行业供水、排水、污水处理工作;指导雨洪资源利用的工程建设与管理。组织编制并协调实施节约用水规划,拟订行业用水标准并监督实施;组织指导计划用水、节约用水工作;组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度;指导和推动全市节水型社会建设工作;会同相关部门指导农业节水工作。指导城市污水处理回用等非常规水资源开发利用工作。

五、规划建设处（监督处）：拟订全市水利发展规划,组织或配合编制流域(区域)水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施,参与市际县际边界水利规划协调;负责全市水利重点工程投资计划的综合平衡;拟订市级水利固定资产投资计划;组织编制大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告;组织实施市水利建设投资计划,承担水利基建统计工作;指导市水利重点工程项目的初步设计及概算。指导流域和区域骨干河道、湖泊、水库及河口的治理。指导全市水利基本建设管理工作,负责市重点水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理;指导全市水利工程建设,配合拟订全市水利建设工程定额;按规定负责市重点水利工程建设的验收;指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。组织实施水利工程质量和安全监督;承担水利行业安全生产监督管理工作;组织或参与制定水利行业安全管理规程规范;指导局属水利工程管理单位、生产经营类单位和重点建设项目的安全监管;依法组织或参与水利安全生产事故的调查处理。

六、工程管理处：指导全市水利设施的管理、保护和综合利用;指导水旱灾害防御和水量调度工作;指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理工作;负责市属水利工程的运行管理;组织编制水利工程运行调度规程,指导水库、泵站、堤防、水闸、水电站等水利工程的运行管理与确权划界;指导城市防洪和水利工程的运行管理;按规定指导水能资源开发工作。指导全市水域及其岸线的管理和保护;会同相关部门指导全市河湖保护规划编制工作。指导水利工程移民工作;承担水利工程移民管理和后期扶持工作,组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度,初步审查、上报大中型水利工程移民安置规划,指导大中型水利工程移民区和安置区的基础设施建设工作;组织开展新增水库移民后期扶持人口核定。

七、农村水利与水土保持处：组织开展灌排工程建设与改造;指导农村饮水安全、乡镇供排水、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作,指导节水灌溉有关工作;指导农村水利改革创新。指导基层水利服务体系建设和农村水利社会化服务体系。指导全市水土流失综合防治工作,组织编制水土保持规划并监督实施,负责水土流失监测、公告。指导“水美乡村”建设工作。

八、河湖长制工作处：承担市河长制办公室的日常工作;组织拟订推行河湖长制工作制度,编制工作计划和考核目标;向市级河湖长提出工作建议,落实市级河湖长确定的事项;对河湖长制工作落实情况进行检查、督察、考核;协调督导河湖长制工作重点事项和问题;组织拟订推行河湖长制有关政策、制度。指导退圩还湖工作。指导水利风景区的建设与管理工作。

九、镇江市城市水利管理处：承担对镇江城区内长江和主要河道堤防、风光带、通江闸站等城市水利设施运行管理和建设，并依法行使防洪防汛管理和水政监察执能。目前管理范围主要是“一江三河五闸站”:即主城区段15.3公里长江堤防,3条贯穿市区总长为19.37公里的主要河道(古运河、虹桥港河道及运粮河局部河道)以及23万平方米河道风光带和引航道水利枢纽、京口闸、虹桥港闸、丹徒闸(丹徒南闸)等5座闸站。

十、镇江市长江河道管理处：组织实施全市长江监测分析、河道治理、应急抢险工程建设与运行管理;负责谏壁节制闸工程运行管理;履行重点水利工程建设项目法人职责;参与长江采砂管理及长江河道涉水项目水行政监督管理;参与市重点水利工程前期规划、可研论证、各阶段设计等成果编制和报审;承担重点水利工程建设项目管理职责等工作。

十一、镇江市工程勘测设计研究院有限公司：主要承担大中型水利工程引调水、灌溉排涝、河道整治、城市防洪、水库枢纽工程规划设计、工程勘察、监理、代建等业务。

十二、江苏省镇江市谏壁抽水站管理处：在市水利局的直接领导和业务指导下,对水利工程设施进行管理、维护、养护并承担太湖以西地区抗旱排涝任务,为湖西地区人民提供生产、生活用水及水安全保障。

十三、镇江市防汛防旱抢险中心：承担全市防汛防旱应急抢险及防汛抢险机械设备的储备,参与防汛防旱抢险业务的培训,负责运粮河节制闸、七摆渡闸站的运行管理以及光明河的长效管理。

十四、镇江市防汛物资储运站：其事业职能为服务于镇江市防汛、抢险,确保国家和人民财产的安全,防汛物资的储运和管理。库内目前储有19种防汛物资和6种专用设备,防汛物资主要有编织袋、麻袋、草包、土工布、集成袋、木材、钢管、橡皮舟、救生衣、救生圈、铅丝、帐篷、应急照明器具、挡水子堤、浮力围井、威特救援浮桥、铝合金防汛挡板、塑料防汛挡板等;专用抢险设备包括挖掘机、发电车组、水泵、物资运输车、行车、叉车、便携式打桩机、无人机、无人水下地形监测船;专用查险设备有TVS-2000管道内窥摄像系统(管道检测机器人)。其中,挡水子堤、浮力围井、机器人、威特救援浮桥、无人机、无人水下地形监测船为近年来新进专利产品或高科技产品,逐步提升了储备防汛物资的科技含量。

十五、镇江市水政监察支队：主要职能是加强水利执法,强化依法治水,管水措施,水行政执法,征收费用,参与水资源、水利工程管理等。

十六、镇江市水资源服务中心：承担全市节约用水和城区地下水资源管理职能；负责市属用水户的水资源费和水利工程水费征收工作,为已建水利工程正常运行提供管理保障。