四川省环境监测中心站内部主要由技术业务和行政后勤两大部分构成，技术业务部门由监测技术室、样品测试中心、样品流转中心、综合室、信息室、质量管理室及生态监测室组成，行政后勤部门由办公室、业务室、总工办、人事科、财务处组成。

行政管理科室主要职责：

办公室：负责各类文件、技术档案的收集、管理；负责组织对拟购仪器设备的选型、购置、调试、安装、验收等项工作；负责协调各部门工作等。

总工办：负责维持站质量管理体系的运行；负责组织全站监测方案、监测报告的技术和质量审查；负责全站监测仪器设备政府采购的技术审查工作；组织全站监测技术能力考核及新方法确认等。

业务室：负责组织站年度监测业务工作的编制、组织实施、监督检查和总结；负责组织对外监测业务的受理、业务洽谈、业务受托、合同评审及签订，并下达工作任务；负责协调对外交流与合作等。

人事处：负责干部职工录用、调配、考核、选拔、任免、政审等人事管理工作；负责执行国家及省有关劳工工资、社会保险等工作；负责本站干部职工的学历教育和业务培训；负责全站职工档案管理、申报技术职称、年度考核等。

财务室：负责本站财务管理等工作。

技术业务科室主要职责

分析测试中心：负责环境质量监测、重点污染源及日常监督性监测工作中各类环境样品的分析，严格按标准、规范完成监测任务；承接各类委托检测，积极主动为社会各界提供环境检测服务；在各类应急监测和仲裁监测中及时、准确地为决策部门提供处理处置的可靠依据；承担各类环境监测相关的专项工作；参与环境监测技术培训，努力促进全省监测技术人员共同进步等。

监测技术室：贯彻执行质量体系文件中所规定的一系列要求，严格按照标准、技术规范、操作规程开展监测，确保监测工作质量；与相关室协同完成监测业务的接洽与接待工作；负责监测细则、操作规程等技术作业文件和记录的编制等。

生态监测室：负责各项生态生物及饮用水源地监测工作的实施、编制年度全省生态环境质量报、重点流域、湖库水质富营养状况月报、编制生态验收监测方案及方案的实施，并负责生态验收监测报告的编制等。

综合室：负责收集整理环境质量、污染物排放、分析方法等环保科技标准和各种监测技术规范，并及时进行更新；负责汇总、收集、分析全省环境监测数据，编制报告书；负责编制全省环境空气日报、地表水水质自动站水质周报等。

信息室：负责全省数据传输平台的建设；负责站内局域网建设；负责省中心站网站对外信息平台的建设运行；负责全省自动监测站（水质自动站、空气自动站）联网的建设运行等。

质量管理室：参与本站质量管理工作；参与本站质量体系的内部审核和管理评审工作；参与重大监测质量事故，提出处理建议；组织对全省自动站质量考核等。

样品流转中心：负责样品的交接、密码标识、监测过程中的质量控制；样品的保存等工作。