使君子科是于1810年由罗伯特·布朗（Robert Brown）氏创立的。到了1828年，康多勒（De Candolle）亦将其编进他所著的《Prodromus Systematis Naturalis Regni Vegetabilis》第3卷内。根据康多勒的意思，他将本科分为Terminalieae和Combreteae两个族。前者的胚圆柱状，椭圆状，子叶螺旋折叠，花萼5裂，花瓣常缺，雄蕊10枚。这一族包含有榄檀属（Bucida）、华南蓝果树属（Agathisanthes）、诃子属（Terminalia）、阿江榄仁属（Pentaptera）、萼翅藤属（Getonia）、红臼树属（Chuncoa）、银榄仁属（Ramatuela）、桤果木属（Conocarpus）、对叶榄李属（Lagunculuria）、回元茶属（Guiera）和朱君藤属（Poivrea）等11属。后者的胚圆柱状，椭圆状或有棱，子叶厚，不规则的，花萼4或5裂，花瓣4或5枚，雄蕊8或10枚。这一族包含有风车子属（Combretum）、番君藤属（Cacoucia）、榄李属（Lumnitzera）、使君子属（Quisqualis）、华南蓝果树属（Ceratostachys）、木榄属（Bruguiera）及Boiea等7属。在这18属中，截止至20世纪50年代，在分类学上仍被采用的只有榄檀属（Bucida）、诃子属（Terminalia）、银榄仁属（Ramatuela）、桤果木属（Conocarpus）、对叶榄李属（Laguncularia）、回元茶属（Guiera）、榄李属（Lumnitzera）、使君子属（Quisqualis）和风车子属（Combretum）等9属，其余的属经后来学者不断钻研后，有些已被转移至别一科之内了，有些已被归件于本科的其他属内作为异名或降为属的分段了。
1867年，本瑟姆（Bentham）与胡克（Hooker f.）二氏在他所著的经典著作《Genera Plantarum 第1卷》内对本科的分类比康多勒（De Candolle）为完善，他将本科分为Combreteae及Gyrocarpeae两个亚科，前者指那些具有糙裂的花药的类属而言，后者指那些具有活瓣开裂的花药的属类而营，前一个亚科包含12个属，这些属仍为各学者所采用，后一亚科包含3个属，但这些属经后来各学者比研究后已制移至其他科了。
直到1898年，布兰迪斯（D.Brandis）在《Die natirlichen Pflanzenfamilien 第3卷》第7-8期内承认使君子科有15属，比之前木瑟姆（Bentham）与胡克（Hooker f.）处理本科时多了榄桐属（Buchenavia）、对蕊车木属（Thiloa）和岛君木属（Calopyxis）3个属。这3个属并非是木瑟姆（Bentham）与胡克（Hooker f.）没有看到或是在他偶的巨著发行以后才发表的，而是由于各人的分类观点不同，这3属被他归并于其他属内。
在布兰迪斯（D.Brandis）氏于《Pflanzenfanmilien》发表使君子科文章的翌年，恩格勒（Engler）与狄更斯（Dicls）在《Monographieen Afrikahischer Pflanzen—Familien and Gattungen 第3卷》内提出对本科植物分类的意见，并承认使君子科共有17属，分隶于两个亚科之下，其中的肉瘿木属（Strephonema）（以前被布兰迪斯认为可疑属）一属自成为Strephonematoideae一个亚科，其他16属另成立为Com-bretoideae 一个亚科，后一个亚科包含Combreteae、Terminalieae、Calycopterideae 及Lagun-cularicae4个族。Combreteae 族含有6个属，亦产中国的风车子属（Combretum）和使君子属（Quisqualis）2属都属于这一族内。他们并将风车子属（Combretum）划分为55个分段（Section），由此可见这一属的种类之多。Terminalieae族亦含有6个属，而其中的诃子属（Terminalia）亦被划分为20个分段，中国国产植物在本族内只有诃子属一属而已。Laguncularieae族含有3个属，其中榄李属（Lumnitzera）及对叶榄李属（Laguncularia）2属皆为红树群落的属类，中国只产前一属，翅苞木属（Macropteranthes）则产于澳洲。Calycopterideae族只有印度西亚和中南半岛所产的萼翅藤属（Calycopteris）一属。同时也增加了榄榆属（Pteleopsis）一属。概括言之，恩格勒与狄更斯对使君子科分类所发表的文章虽比布兰迪斯迟一年，但对于大属的划分就较为详尽了。他们除了把前被布兰迪斯认为可疑属肉瘿木属独立的成为一个亚科Strephonematoideae外，还增加了榄榆属这一个属于Combrcteae族内。
自从1899年恩格勒与狄更斯发表文章以后距今六十余年，除了当古（Danguy）在1923年发表了马达加斯加产的Terminaliopsis新属外，对于使君子科尚无其他新属发现。惟根据埃克塞尔（A.W.Exell）的意见（在Jour.of Botany 69卷，126页，1931），他认为Danguy 氏在1923年所成立的Terminaliopsis实与诃子属（Terminalia）无甚分别，因此将其合并。因此，截止至2019年，使君子科有17属。
