木兰科的分类由于学者们对属的概念仍有分歧，曾有过不少争论，但木兰科中除了鹅掌楸属外，其他各属形态特征较相似而连续，构成较自然的组合。

李捷（1997）尝试对木兰科植物进行修订，从大量标本来看，其叶形变异很大，有时同一采集号内变异也很明显，根据叶形进行分类也不成熟，另外根据地理分布范围对其进行亚种处理，也告失败。因为在云南分布的许多地方，其叶形特征重叠，且变异连续，故其支持了马关木莲并入红花木莲。

在 《中国植物志》（第30卷第1册）中并未记载马关木莲Manglietia maguanica，《Flora of China》vol.7、《云南植物志》第16卷（P9-10）中将马关木莲Manglietia maguanica并入了红花木莲Manglietia insignis。

Chen & Nooteboom（1993）曾将此种归并于红 花木莲Manglietia insignis(Wall.) Blume 之中，Xia et al.（2008）从之。但司马永康（2011）等认为据对标本和活植物的观察，本种叶较大，质地较革质，被白粉等，是一个比较明确而独立的种，应当恢复。