抓斗挖泥船一般采取纵挖式（即沿航道方向）施工，根据不同施工条件可分为顺流挖泥、逆流挖泥、分条挖泥、分段挖泥、分层挖泥等方法：
（1）一般情况下，抓斗挖泥船宜采用顺流开挖，主要是防止抓斗与船体发生碰撞。流速不大或有往复潮流的地区采用逆流施工；
（2）当设计挖槽宽度大于挖泥船有效挖宽时采用分条挖泥法。其分条原则是中央向两侧分条，每相邻两条有重叠从而防止漏挖，分条最大宽度不得大于挖泥机有效工作半径；
（3）泥层厚度大于挖泥船抓斗最大挖深时采用分层挖泥法。分层原则是上层宜厚、下层宜薄从而提高挖泥功效保证疏浚质量；
（4）挖槽长度超过挖泥船一次抛设主锚所能开挖长度时进行分段施工。分段长度易取60～70m。
对于土质松软，泥层厚度不大的情况，为了提高工作效率，又能保证工程质量，多采用梅花形挖泥方法，即斗与斗之间留有一定的间隔，使所挖的泥面呈梅花形的土坑，在实际施工中，根据水流的大小及图纸松软情况，合理确定斗与斗之间的间距，并控制好开挖深度。
浅滩短挖槽上、下游都受施工吃水限制，无法顺岸线展布施工，都要采用顶滩挖泥法。利用高潮位分层向前抢挖出一条泥驳不致搁浅的挖槽落潮时，挖泥船移到起点开挖，挖泥船与泥驳相互调档，到高潮位时，继续分层开挖，待到再落潮，如不影响泥驳吃水，可继续挖或挖下一层。如继续挖泥会影响泥驳吃水，到挖泥船与泥驳互相调档，循此法挖完为止。
在水深条件许可时，挖泥进关采取跳一关退一关依次前进的方法，称谓留埂挖泥法。即挖完第一关进到第三关，挖完第三关，退到第二关，挖完第二关跳到第五关。这种挖法，当挖去第一、三、五关后留下的二、四关即为土埂，容易抓挖。
抓斗挖泥船不能像绞吸式挖泥船一样，通过司机的操作挖掘出较为平整的边坡，所以只能采取分层开挖的方法，依靠水流影响自然坍塌最终形成边坡。台阶的开挖高度宜在1.0～2.5m。边坡的挖掘既要考虑超宽值，又要考虑抓斗对于疏浚土岩的适应，所以越往下挖掘深度越小，并且超挖的高度应该大于欠挖高度；为了挖掘方便，台阶的分层最好与主体疏浚分层大致相同，具体数据需要计算得到。
