生物滤池为周期运行，从开始过滤到反冲洗结束为一个周期。正常运行时，原水通过进水分配槽进入滤池下部，在布水系统及滤料阻力的作用下使滤池进水均匀。空气布气管安装在滤层下部，采用穿孔布气管进行布气。由于滤料表面附着大量的微生物，利用进水中的溶解氧降解一部分有机物及氨氮，出水由上部集水槽收集。
随着过滤的进行，填料上的生物膜增厚，此时需要对滤层进行反冲洗。
滤池采用脉冲反冲洗，冲洗过程如下：当某格滤池需要反冲洗时，首先关闭进水阀及曝气管，再打开反冲洗气囊进气管，当气囊中空气达到一定容积后，打开快速放气阀；这时滤池中的水迅速补充至气囊中，导致滤料突然向下膨胀，在水流剪切力作用下，附着在滤料上的悬浮物质脱落；同时通过水的输送作用，把滤池下部沉淀污泥送到气囊中；最后打开排泥阀，利用其他正在运行的生物滤池出水对滤层进行水漂洗，同时排出下部污泥，达到有效清洁滤料的目的。
