对审计工作底稿的分类整理和汇集归档构成审计工作底稿整理工作的全部内容。审计档案是注册会计师在规划审计工作、实施审计程序、发表审计意见和签署审计报告过程中形成的记录，并综合整理分类后形成的档案资料。审计档案是会计师事务所的重要历史资料和宝贵财富，应妥善管理。审计档案分为永久性审计档案和当期审计档案两种。永久性审计档案是指那些记录内容相对稳定、具有长期使用价值，并对以后的审计工作具有重要影响和直接作用的审计档案，如备查类工作底稿和综合类审计工作底稿中的审计报告、管理意见书。当期审计档案是指那些记录内容经常变化，只供当期审计使用和下期审计参考的审计档案，如业务类工作底稿和综合类审计工作底稿的其他部分资料。
审计工作底稿按照一定的标准归入审计档案后，应交由会计师事务所档案管理部门进行管理。会计师事务所应建立审计档案保管制度，以确保审计档案的安全、完整。对于永久性和定期审计档案的保管年限分别如下：
⑴永久性审计档案应长期保管。
⑵会计师事务所应当自审计报告日起，对审计工作底稿至少保存十年。如果注册会计师未能完成审计业务，会计师事务所应当自审计业务中止日起，对审计工作底稿至少保存十年。
⑶不再继续审计的被审计单位，其永久性审计档案的保管年限与最近一年当期档案的保管年限相同。对于保管期限届满的审计档案，会计师事务所可以决定将其销毁。销毁时，应根据有关档案管理规定履行必要的手续。
⒈审计工作底稿的保密
为了维护被审计单位及相关单位的利益，会计师事务所对审计工作底稿中涉及的商业秘密保密，建立健全审计工作底稿保密制度。但由于下列两种情况需要查阅审计工作底稿的，不属于泄密情形：
⑴法院、检察院及国家其他部门依法查阅，并按规定办理了必要手续。
⑵注册会计师协会或其委派单位对会计师事务所执业情况进行检查。
⒉审计工作底稿的查阅
由于审计工作的需要，并经过委托人同意，在下列情况下，不同会计师事务所的注册会计师可以要求查阅审计工作底稿：
⑴被审计单位的后任会计师事务所。
⑵审计合并会计报表，母公司的注册会计师可以查阅子公司的注册会计师的审计工作底稿。
⑶联合审计时，注册会计师可以相互查阅审计工作底稿。
⑷会计师事务所认为合理的其他情况。
从一般意义上讲，审计档案的所有权应属于执业注册会计师所在的会计师事务所。拥有审计工作底稿的会计师事务所在接受其他部门或单位依法查阅时，应给予密切的协助，讲明查阅要求和限制，对于查阅人要求复印或外携审计工作底稿时，注册会计师应考虑审计工作底稿的内容、性质以及影响。根据有关档案法的规定，由于查阅人悉知被审计单位商业秘密而泄密造成的损失和影响，拥有审计工作底稿所有权的会计师事务所无需承担连带责任。
