NTP version 1 出现于1988年6月，在RFC-1059中描述了首个完整的NTP的规范和相关算法。这个版本已经采用了client/server模式以及对称操作，但是它不支持授权鉴别和NTP的控制消息。

1989年9月推出了取代RFC-958和RFC-1059的NTP v2版本即RFC-1119。

几乎同时，DEC公司也推出了一个时间同步协议，数字时间同步服务DTSS(Digital Time Synchronization Service).在 19 92 年3月，NTP v3版本RFC-1305问世，该版本总结和综合了NTP先前版本和DTSS，正式引入了校正原则，并改进了时钟选择和时钟滤波的算法，而且还引入了时间消息发送的广播模式，这个版本取代了NTP的先前版本。NT P v 3 发布后，一直在不断地进行改进，NTP实现的一个重要功能是对计算机操作系统的时钟调整。在NTPv3研究和推出的同时，有关在操作系统核心中改进时间保持功能的研究也在并行地进行。1994年推出了RFC-1559，名为A KernelModel for Precision Time keening，即精密时01保持的核心模式，这个实现可以把计算机操作系统的时间精确度保持在微秒数量级。几乎同时，改进建议。对本地时钟调整算法，通信模式，新的时钟驱动器，又提出了NTP v4适配规则等方面的改进描述了具体方向。