根据电泳中是否使用支持介质分为自由电泳和区带电泳。

自由电泳不使用支持介质，电泳在溶液中进行。这类电泳又分为非自由界面电泳和自由界面电泳两类。非自由界面电泳指悬浮在溶液中的带电粒子（如各种细胞）通电后全部移动，不出现界面，如显微电泳等。自由界面电泳中被分离物质集中在某一层，形成各自的界面而进行定性或定量分析。自由界面电泳需要昂贵精密的电流仪器，仅在少数特殊电泳如等电聚焦电泳和等速电泳中使用。

区带电泳都使用支持介质，根据支持介质不同分为滤纸电泳、醋纤膜电泳、薄层电泳和凝胶电泳等。此外，根据支持介质的装置形式不同又可分为水平板式电泳、垂直板式电泳、垂直盘状电泳、毛细管电脉、桥形电泳和连续流动电泳等。

常见的几种电泳仪有：

1. 全自动荧光/可见光双系统电泳仪

具有荧光/可见光双系统，使用荧光试剂项目如CK、LD同工酶。优点灵敏度、准确度高且采用高压、低温系统，速度非常快。

2. 全自动醋纤膜电泳仪

为可见光单系统，使用醋纤膜电泳片，优点为自动化程度更高。多用于临床常规血清蛋白电泳分析。

3. 全自动琼脂糖电泳仪

为可见光单系统，使用琼脂糖凝胶电泳胶片，优点为灵敏度高，可用于低浓度蛋白检验，如尿蛋白及脑脊液蛋白，同工酶的分离效果也相当不错，所能做项目较多且灵敏度较高。

4. 全自动电泳分析系统

该电泳仪集中了上述仪器的优点，自动点样、电泳、呈色(或染色、脱色)、烘干。可用各种电泳片，包括琼脂片、醋酸片、聚丙烯酰胺等，采用可见光及荧光呈色双系统，是一种较理想的电泳仪。