纸电泳（Paper Electrophoresis，PE）指用滤纸作为支持介质的电泳方法，是最早使用的区带电泳。在对某些蛋白质(如糖蛋白、脂蛋白等)的分离尤其对氨基酸混合物的分离非常有效。
将滤纸条水平架设在两个装有缓冲溶液的容器之间，样品点于滤纸中央。当滤纸条被缓冲液润湿后，再盖上绝缘密封罩，即可由电泳电源输入直流电压（100V~1000V）进行电泳。
醋酸纤维素薄膜电泳的特点是分离速度快、电泳时间短、样本用量少，特别适合于病理情况下微量异常蛋白的检测，广泛用于分离和测定血清蛋白、血红蛋白、糖蛋白、结合球蛋白、脂蛋白、同工酶等的临床医学检验。电泳时经过膜的预处理、加样、电泳、染色、脱色与透明即可得到满意的分离效果。
凝胶电泳（Gel Electrophoresis）是由区带电泳派生出的一种用凝胶物质作为支持物的电泳方式。常用的凝胶为葡萄糖、交联聚丙烯酰胺和琼脂糖。这种介质具有多孔性，有类似于分子筛的作用，流经凝胶的物质可按分子的大小逐一分离，因此广泛用于测定蛋白质的分子量。
等电聚焦电泳（Isoelectric Focusing Electrophoresis，IFE）是一种利用有pH梯度的介质，分离等电点不同的蛋白质的电泳技术。将等电点不同的蛋白质混合物加入有pH梯度的凝胶介质中，在电场内经过一段时间后，各组分将分别聚焦在各自等电点相应的pH值位置上，最后，样品的各组分在各自的等电点聚焦成一条清晰而稳定的窄带。
等速电泳（Isotachophoresis，ITP）采用两种不同浓度的电解质组成，一种为前导电解质，充满整个毛细管柱；另一种为尾随电解质，置于一端的电泳槽中。前导电解质的迁移率高于任何样品组分，后者则低于任何样品组分，被分离的组分按其不同的迁移率夹在中间，在强电场的作用下，各被分离组分在前导电解质与尾随电解质之间的空隙中移动，实现分离。
双向凝胶电泳又称二维凝胶电泳，主要用于分离和分析混合的蛋白质组分，是优于其它方法能够连续地在一块胶上分离数千种蛋白质的方法。
该方法第一向采用等电聚焦，根据复杂的蛋白质成分中各个蛋白质等电点不同，将蛋白质进行分离。第二向采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳，按蛋白质分子量的大小使其在垂直方向进行分离。其结果呈现为斑点状。
免疫电泳（Immunoelectrophoresis）是琼脂平板电泳和双向免疫扩散两种方法的结合。将抗原样本在琼脂平板上先进行电泳，使其中的各种成份彼此分开，然后加入抗体做双向免疫扩散，已分离的各抗原成分与抗体在琼脂中扩散而相遇，在两者比例适当的地方形成复合物，呈现出可见的沉淀弧。
