电场强度越大,电泳速度越快。但增大电场强度会引起通过介质的电流强度增大,从而造成电泳过程中产热过多,引起介质温度升高,影响电泳效果。降低电流可以减少产生热量,但会延长电泳时间,减慢待分离生物大分子的扩散而影响分离效果。
主要体现为样本溶液的pH、离子强度和黏度等。pH影响带电粒子的解离程度,决定物质所带净电荷的多少。当pH为蛋白质的等电点时,蛋白质所带净电荷为零,此时蛋白质在电场中不会发生移动。
适合电泳的离子强度为0.02-0.2。离子强度过高,带电颗粒会将溶液中与其电荷性相反的离子吸引在自己周围形成离子扩散层,从而降低粒子的电泳迁移速度。离子强度过低,电泳迁移速度会因为溶液pH变化而受到影响。
温度过高引起样本分离带加宽;温度过高产生对流,易引起待分离物的混合;对热敏感样本易引起蛋白质变性;导致介质黏度降低、电阻下降,影响电泳效果。
电渗是指电泳过程中液体对固体的相对移动。如果电渗方向与待分离分子电泳方向相同,则电泳速度加快,反之则减慢。
支持介质的筛孔具有分子筛的作用,能够分离分子。其大小对待分离生物大分子的电泳速度有明显影响。筛孔大的介质中,电泳速度快,反之则慢。此外,只是介质的黏性可阻碍泳动,起到吸附作用。