(一)专业人员缺乏，管理质量差，层次低

档案管理是一项专业知识极强工作，目前很多采购代理机构档案员管理大多身兼数职，由于专业人员少，素质低下，档案管理充其量仅是资料的集中堆放，卷内目录编辑混乱，整理次序前后颠倒，甚至多人参与卷内目标编写，标准难以统一。资料收集不全，保密性、安全性堪忧，使用功能、实证功能、原始记录性功能未得充分体现。有的采购支付手续还没有结束，有关合同等资料已经丢失等。有些单位已经参与了政府采购，但在会计相关凭证里没有反映政府采购的任何手续。还有个别自行组织招标的单位或个别的采购代理机构，由于暗箱操作等原因，人为破坏、丢失政府采购活动中相关会计档案资料，销毁采购活动记录。一些采购人和代理机构在办理采购项目时，不注重采购活动记录，不及时准确地记录，有的只对开标等活动现场情况进行记录，对采购项目的资金安排、使用非招标方式原因等前期活动未做记录，对确定中标人原因、合同价格等采购后期的活动情况亦未做记录。有的采购代理机构没有明确专门人员负责记录。有主持人兼记录的，有公证员兼记录的，有监管人员兼记录的，有的采购活动记录出现多个笔迹，谁有空闲谁记录。更有一些别有用心的人伪造、变造采购活动记录。

(二)保存主体不明确

《政府采购法》规定，保存主体是采购人和采购代理机构，但实际工作中，大都由采购代理机构负责保存。

(三)管理设施缺乏

有的代理机构没有独立的档案室，采购资料存放杂乱，有的虽有档案室，但容量较小，环境不好，只有简易的可移动的档案柜，未能合理设立档案密集架，处在一种简单的资料堆积阶段。很多地方档案管理资料未能输入电脑，手工操作居多。档案收集工作不严密，造成关键资料的缺省，档案文件完整性受损、管理措施的滞后制约了档案管理手段的创新与升级。

(四)档案保存范围过小

会计报表、供应商资料以及采购文件资料等三者组成政府采购档案的主体，但未能实质性地进入档案管理范围。很多采购机构未能真正重视档案的管理，使得这部分宝贵资料散落在各岗位工作人员手中，给档案整理的完整性留下了隐患。由于分工的不同，或者出于工作职责和保密观念的考虑，个人拥有的档案资料总偏向于自己管理，没有存档意识。而负责供应商库的管理人员出于方便工作等目的，总想把资料当成私有财产，未考虑到档案的集体使用功能。

(五)管理方式陈旧，借阅制度混乱

所谓的管理仅是开门送材料，关门堆资料，没有借阅登记本或借阅不登记现象屡有发生，一些招标项目的关键性的数据与结论，在评标结束后往往是胡乱地往桌上一堆，增加了许多泄密变数，且为追查泄密者制造了麻烦与困难。

(六)档案管理与使用脱节

档案具有实证性功能和使用效用，供应商投标技术方案描述、技术参数，财务状况、售后服务承诺等方面的内容对制作标书与评分办法有很强的借鉴作用。政府采购档案是宝贵的智力资源，供应商登记资料是最原始的资质水平证明，是对供应商履约能力、资信等级、技术水准的直接记录，对投标名单确定、中标候选人的产生具有一定参考价值。然而一些采购代理机构为了达到所谓的保密效果，一律不得借阅档案资料，使可用的档案成为一堆死材料，造成了档案资源浪费。