木棉的拉丁名,国外最早在1954年被提及的为Bombax malabaricum,至2015为止,均较为广泛的在化学成分、药理分析、植物研究等文献中使用,在《中国植物志》中,亦使用此拉丁名;《海南植物志》《广州植物志》等地方植物志及《中国高等植物图鉴》等则较多使用Gossampinus malabarica这一拉丁名。英文版《Flora of China》及一些文献则写为Bombax ceiba。依照植物命名规则,木棉的命名应该是唯一的。所以在后来,植物分类学界认为Bombax ceiba才是木棉的标准拉丁名。
依据史料记载,木棉在中国的应用历史可追溯至汉朝。《后汉书·南蛮传》记载:“武帝末,珠崖太守会稽孙幸调广幅布献之……”;《南州异物志》记载:“五色斑衣以丝布吉贝木所作……”,吉贝即是木棉的古称之一。宋元之后,随着棉花纺织技术的简化与产量的提高,木棉纺织技术因为过于复杂逐渐被淘汰,仅在中国海南部分黎族聚居区保留了下来。