木棉幼苗期主要是叶斑病和炭疽病，发现后应立即拔除病苗，并对未患病苗喷70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液或75%百菌清可湿性粉剂1000倍液，隔10天喷1次，共喷2-3次。
木棉的虫害，主要有为害新梢及叶片的叶甲类、尺蛾类和小绿叶蝉，生产上多采用诱杀进行防治；蛀干的有木棉象甲、天牛等，主要以木棉象甲幼虫危害髓心为患，尤其在顶梢部位，破坏疏导组织，阻碍物质运输，此后蔓延全树，使新梢不抽生，树皮从顶端开始枯死。防治可使用商品名为横扫千虫的农药7倍液效果良好。有报道认为，钾肥起控制作用，氮肥使受害程度加深，可以此进行科学施肥。
