建站以来，本站完成了中美、中日、中挪等十多个中外科技合作项目以及世界银行和国家、省、市重点攻关课题，多次获得国家和省、市环境保护科技成果奖。1992年被国家环保局授予“环境监测优质实验室”，1997年被国家环保总局评为“全国环境监测系统先进监测站”，2003年获中国环境监测总站“质量管理广州突出单位”和“全国城市空气质量日报预报工作突出单位”称号。在1991年5月通过省级计量认证，2002年12月通过实验室国家认可，具备了水（含大气降水）和废水、环境空气和废气、土壤、底质、植物、固体废物、燃料、生物、噪声、辐射、振动、机动车排气污染物、室内污染物、海水、材料等各种环境要素的监测能力。本站历来重视质量保证工作，早在1985年成立了质量控制小组，1991年设立质量控制室，负责全站质量保证管理的日常工作，2002年改名为质量管理室。在监测质量保证与质量控制的实践中，不断完善质量管理体系，强化质量管理，使质量管理工作在规范化、标准化、制度化、系统化和人员培训经常化等方面迈上新的台阶。各项环境要素监测的质量控制措施全面落实，保证了监测数据的准确性、代表性、可比性和完整性，为环境管理决策提供了优质高效的技术支持和技术服务。2001年下半年，依据CNAL/AC01：2002《检测和校准实验室认可准则》建立和运行质量管理体系。为保证质量管理体系的运作持续符合《实验室认可准则》的要求，同时满足监测站业务运作的可操作性和协调性，自2002年12月首次通过认可以来，对质量手册、程序文件和作业指导书等进行了多次修订、再版。近年来，本站以较好的成绩完成了中国环境监测总站和广东省环境保护监测中心站组织的水质、大气及酸雨、城市环境定量考核等项目的实验室质量控制考核以及总站委托的多种污染物监测方法的验证。并多次参加中国实验室国家认可委员会、国家环保总局标样所等机构组织的能力验证、实验室间比对和标样协作定值活动、参加中国环境监测总站等组织的监测能力考核，取得满意结果。