由于永磁直线发电机端部铁芯的断开，产生了直线发电机特有的缺陷一纵向端部效应。纵向端部效应是端部磁场产生畸变以及结构断开对直线电机性能和设计带来的一系列变化的总称，不仅包括定由位力造成的推力波动，还包括磁场分布的变化、出现奇数极电机、感应电压不对称等现象。纵向端部效应是产生直线电机推力波动的主要原因，是直线电机设计过程不可忽略的内容。
己经有不少学者对直线电机纵向端部效应的影响进行了研究，而且给出了优化措施，其中包括磁场相似化方法，通过改变端部齿的宽度以及端部齿的气隙长度来改善纵向边端效应对永磁直线同步发电机性能的影响。
