辅锅炉系统的控制原则是确保其运行经济性、降低能耗和维修费用，整个系统的控制可分为三个部分，即燃烧程序控制、燃烧自动控制和给水自动控制 。

燃烧程序控制系统控制与燃烧器点火、熄火有关的一整套程序，包括点火前油泵和风机的起动、预扫风和风油门控制、点火过程、熄火后的后扫气以及在多燃烧器系统中根据负荷变化自动调节燃烧器工作数量，还有对点火失败、缺水、炉前风压低等非正常情况的报警及自动保护措施。这一系统基本上属于对开关量的顺序逻辑控制，虽然控制过程复杂，可靠性要求高，但输入/输出（I/O）点不多，很适合用仅有开关量功能的低档PLC控制。

根据负荷变化，对燃烧工况的自动调节，目的在于控制锅炉的供汽压力和温度，使其稳定在给定值以满足设备的需要。同时调节给油量和进风量的比例，保持合适的过量空气从而使燃油充分燃烧，达到安全和省油的目的。在主锅炉或大型油、客轮的辅锅炉控制中，此系统的主要被控量是模拟量，应采用具有多个模拟量PID调节回路功能的中档PLC。

由于对小型船用辅锅炉的蒸汽品质要求不高，可采用双位调节（即高压停炉，低压起动），或采用单调节器的简单比例调节，或用分档方式将连续的汽压信号变成开关量，实现近似的连续闭环调节。最后这种方式很适合于用低价的开关量PLC完成这一调节功能，同样可达到较高的调节质量，并可与前述的燃烧程序控制系统使用同一个小型或超小型PLC。

同样，给水自动调节系统亦可根据锅炉性能及大小、控制质量要求分别采用双位调节或单冲量、双冲量以至三冲量连续调节。用具有模拟量控制功能的PLC实现双冲量或三冲量的调节都很方便而无须增添新的控制单元，因而较容易实现高质量的给水控制，而一般辅锅炉则多采用双位调节方式，可与前两个系统共用一个小型或更小型的PLC来实现。