拿到一根新柱时，一定要先看其使说明，然后测柱效，定期检测柱效， 保留在新色谱柱上得到的色谱图，并记录条件， 定期检测仪器的谱带展宽。 若应用于在线监测， 应对色谱柱提供在线的物理保护和化学保护， 例如采取安装在线过滤器， 自装填料保护柱和预装保护柱等。在线过滤器的作用是防止颗粒在柱头累计，优点是基本不影响柱效， 在需要高柱效的时候常用， 常更换的消耗品是滤芯和垫圈保护柱的作用是防止柱子被化学污染。缺点是多数保护柱影响色谱柱的柱效， 特别是在用微柱时，常用的是普通 自装填料的保护柱。最近新出的一些保护柱例如Sentry—guard保护柱， 它的特点是高质量、高效填料、 增加分析柱效、对脏样品载荷能力大 ，能延长保护柱的寿命，手可拧紧接头，安装时不需要工具，省时省，可换芯式设计，能采用各种不同的填料，主要适用于非常脏非常复杂的样品本底，例如生化样品，环境样品和食品等，或者不想做太多的圃相萃取，不想降低柱效果等情况。
对所做的样品要有充分的了解，用对该样品洗脱能力最强的流动相清洗，对于硅胶柱，先用甲醇洗去极性杂质，然后用干燥的二氯甲烷和正庚烷 100 — 20OraL依次活化，对于键和相柱，一般用甲醇一氯仿一甲醇一水依次冲洗，每种色谱柱有特定的清洗方法，一定要看其使用说明。
存放前除去杂质和盐，采用合适的存放溶剂，避免色谱柱床的干枯，避免机械振动，防止细菌生长，注意存放的温度。
