科学部对申请项目进行初审。对不符合项目指南和重点项目申请要求的，经科学部负责人核准后，不予继续评审。

科学部按照《国家自然科学基金项目管理规定》有关要求选择同行评议专家，将研究内容相近的申请项目汇总后送同行评议专家评议。同行评议专家对送审项目逐项评议，并对研究内容相近的申请项目进行综合分析。每份申请项目的有效同行评议意见不应少于五份，交叉领域的申请项目需有相关领域专家的同行评议意见。

科学部在对同行评议意见分析和归纳的基础上将申请书和同行评议材料等一并提交专家评审组会议审议，根据需要可特邀部分专家参加评审。申请者一般须到会答辩。原则上相近研究领域的项目应集中评审，确有必要时部分研究领域可以另行组织评审会，到会评审专家不得少于七人并以专家评审组成员为主。重点项目的评审应考虑以下几个方面：1、具有明确的科学问题，创新的学术思想，先进的研究目标，合理的研究方案以及必要的研究条件；2、具有高水平、活跃在科学前沿的学术带头人和精干的研究队伍；3、具有较厚实的研究基础，可望取得突破性进展；4、具有合理的经费预算。

重点项目评审应坚持择优和重点支持的原则，不提倡将几份申请项目组织成一个项目；对承担过自然科学基金项目的申请者，还应将其原项目完成情况作为新申请项目评审的参考。向自然科学基金委建议资助的项目须以评审专家投票超过半数通过的方式予以确定。科学部将项目评审结果送分管委主任逐项审核，并报委务会议审批，根据审批结果向获资助项目依托单位和负责人下达批准通知，向未获资助项目依托单位和申请者发出未获资助通知及原因。