根据上述职权内容，审计部机构的设置以第一厅掌理全国各机关的事前审计，第二厅掌事后审计，第三厅掌稽察。
《审计法》规定一切财政主管机关的支付命令须先经审计部核准，当支付命令与预算案或支出法案不符时，审计部应不予核准。未经审计部核准的支付命令，国库不得付款。国民政府岁入岁出总决算及政府的各种计算（机关每月收支计算、特别会计收支计算、官有物收支计算、由国民政府发给补助费或特与保证各事业之收支计算、其他经法定规定应由审计都审核的收支计算）均应由审计都审计。上述决算、计算虽与预算案或支出法案相符，如有不经济的支出，审计部亦有权驳复。但《审计法》又规定，国民党党部的决算、计算，均不属审计范围。
