应用项目预算法中存在的问题：

通常，项目预算法在那些基本上是以项目为其实现目标的部门，例如国防部、水利部、电力部、煤炭部等，有可能发挥比较好的作用。但对大多政府机构和事业单位而言，要推行项目预算法还存在着以下一些问题。

（一）这些部门通常缺少明确的、具体的目标。显然，谁也不可能为模糊不清的目标制定规划、计划和预算。

（二）现行的会计制度也与实行项目预算的要求不相适应。美国国防的做法是对传统的预算科目进行了改造，使之与计划的分类取得一致，从可以用一个系统来完成对计划和预算的财政检查。但对大多数的政府部门事业单位来说，这样做的困难很大。一种解决的办法是建立两套帐目：一是按项目进行核算的帐目；一套是按现行会计制度进行核算的帐目，然后这两套帐目之间建立一种转换关系。

（三）政府部门或事业单位中的预算人员习惯于传统的做法。他们不放弃年度预算的惯例和程序而改变为较长期的项目预算。

（四）缺乏一整套进行费用效果分析的目标体系和方法体系，也是影响项目预算法推行的一个主要障碍。

所有这一切可能使人们觉得任务艰巨。事实当然也是如此。但是在有管理这样主要和困难的领域里既然出现了一个很有意义的预算手段，就不当束之高阁，弃之不用。作为发展健全的政府部门和事业单位预算工作的战略性开端，花点力气试行项目预算法是值得的。至少，能够认识到应当将划一计划—预算结合在一起就是一个很大的进步。