三峡工程预测的静态总投资大约为900亿元人民币（1993年5月末价格），其中工程投资500亿元，移民安置400亿元。预测动态总投资将可能达到2039亿元，估计实际总投资约1800亿元左右。建设资金主要来自三峡工程建设基金即电费附加费。

据2011年《三峡（重庆）库区移民工作报告》显示，三峡后续工作目标所需的规划投资总额为1238.9亿元。公开数据显示，截至2009年底，三峡工程已累计完成投资1849亿元人民币。

根据全国人大财经委员会关于三峡工程竣工验收的相关要求和国务院的部署，审计署于2011年6月至2012年2月对长江三峡工程竣工财务决算草案进行了审计。按照三峡集团公司等编制的竣工财务决算草案，三峡工程财务决算总金额为2078.73亿元。具体情况包括以下几个方面：

枢纽工程：截至决算基准日2008年12月31日，决算草案金额873.61亿元，其中：已完工项目投资801.51亿元，升船机、坝区整理完善等尾工项目预计投资72.1亿元。截至2011年底，这两个尾工项目分别完成其总投资的38%和43%。

输变电工程：截至决算基准日2008年12月31日，输变电工程全部完工，决算草案金额348.59亿元。其中：一次系统项目322.95亿元（直流工程192.24亿元、交流工程130.71亿元），二次系统项目12.32亿元，专项费用8.59亿元，总预备费2.23亿元，电网调度大楼2.5亿元。

移民资金：截至决算基准日2011年6月30日，实行任务和资金“双包干”、纳入三峡工程竣工财务决算草案的移民资金共856.53亿元，按21︰4︰75的比例分别计入防洪、航运和发电资产。此外，用于移民的资金还包括国家相关支持政策派生资金（移民资金存款利息、耕地占用税返还、超面积使用土地的出让金等）、三次提前蓄水一次性补助、工矿企业关闭破产补助等63.76亿元2。截至2011年6月30日，移民搬迁安置已支出共计757.7亿元，在建项目或未完成结算项目162.59亿元。

按照竣工财务决算草案，三峡工程形成资产2078.73亿元。其中：交付三峡集团公司1729.25亿元，包括防洪资产179.87亿元、发电资产1300.24亿元、航运资产247.55亿元（含升船机等尾工项目）、坝区接待中心等其他独立资产1.59亿元；交付国家电网公司输变电资产348.59亿元；三峡办办公楼等资产8800万元待财政部批准后转出；核销80.8万元。