会计界至今尚未建立起一套人力资源会计的确认、计量和报告理论，使得以人力资源会计信息为基础的人力资源报表审计无从开展。
人力资源审计搜集审计证据的方法通常以调查部卷为主。通过调查取证获取有关组织的人力资源管理信息。然后对这些信息进行分析评价。这些数据的渠道大多由人力资源管理部门完成，缺乏来自第三者的证据支持，证据的可靠性难以保证。
缺乏专业审计人员。目前，我国人力资源审计起步晚，重视程度不够。现阶段，国内并没有专业的人力资源审计人员资格认证。
人力资源价值难以评估。缺乏科学的审计尺度和标准，难以实现人力资源审计的规范化，难以明确审计人的责任与风险。
